{rfName}
Bi

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Altmetrics

Grant support

We thank Jose Maria Buesa, Marcel Veldhuizen, and Diana Coroian for yeast fermentations and for help with cloning; and Hans Roubos (Royal DSM) for providing the pDSM vector. Funding for this research was provided by Bill & Melinda Gates Foundation Grant OPP1143172 (to L.M.R). X.J. is supported by a doctoral fellowship from Universidad Politecnica de Madrid. Y.G. acknowledges financial support from Carnegie Mellon University. K.P., I.S., and D.B.G. were funded by the US Defense Advanced Research Projects Agency's Living Foundries Program Award HR0011-15-C-0084. Funding for this project was provided by the Abdul Latif Jameel Water and Food Systems Lab (J WAFS) at the Massachusetts Institute of Technology.

Anàlisi d'autories institucional

Burén, StefanAutor o coautorJiang, XiAutor o coautorEchavarri-Erasun, CarlosAutor o coautorRubio, Luis M.Autor o coautor

Compartir

7 d’gener de 2020
Publicacions
>
Article

Biosynthesis of the nitrogenase active-site cofactor precursor NifB-co in Saccharomyces cerevisiae

Publicat a:Proceedings Of The National Academy Of Sciences Of The United States Of America. 116 (50): 25078-25086 - 2019-12-10 116(50), DOI: 10.1073/pnas.1904903116

Autors: Buren, Stefan; Pratt, Katelin; Jiang, Xi; Guo, Yisong; Jimenez-Vicente, Emilio; Echavarri-Erasun, Carlos; Dean, Dennis R.; Saaem, Ishtiaq; Gordon, D. Benjamin; Voigt, Christopher A.; Rubio, Luis M.;

Afiliacions

Broad Inst MIT & Harvard, Cambridge, MA 02142 USA - Autor o coautor
Carnegie Mellon Univ, Dept Chem, 4400 5th Ave, Pittsburgh, PA 15213 USA - Autor o coautor
MIT, Dept Biol Engn, Synthet Biol Ctr, 77 Massachusetts Ave, Cambridge, MA 02139 USA - Autor o coautor
Univ Politecn Madrid, Ctr Biotecnol & Genom Plantas, Inst Nacl Invest & Tecnol Agr & Alimentaria, Madrid 28223, Spain - Autor o coautor
Univ Politecn Madrid, Escuela Tecn Super Ingn Agron Alimentaria & Biosi, Dept Biotecnol Biol Vegetal, E-28040 Madrid, Spain - Autor o coautor
Virginia Polytech Inst & State Univ, Dept Biochem, Blacksburg, VA 24061 USA - Autor o coautor
Veure més

Resum

The radical S-adenosylmethionine (SAM) enzyme NifB occupies a central and essential position in nitrogenase biogenesis. NifB catalyzes the formation of an [8Fe-9S-C] cluster, called NifB-co, which constitutes the core of the active-site cofactors for all 3 nitrogenase types. Here, we produce functional NifB in aerobically cultured Saccharomyces cerevisiae. Combinatorial pathway design was employed to construct 62 strains in which transcription units driving different expression levels of mitochondria-targeted nif genes (nifUSXB and fdxN) were integrated into the chromosome. Two combinatorial libraries totaling 0.7 Mb were constructed: An expression library of 6 partial clusters, including nifUSX and fdxN, and a library consisting of 28 different nifB genes mined from the Structure-Function Linkage Database and expressed at different levels according to a factorial design. We show that coexpression in yeast of the nitrogenase maturation proteins NifU, NifS, and FdxN from Azotobacter vinelandii with NifB from the archaea Methanocaldococcus infernus or Methanothermobacter thermautotrophicus yields NifB proteins equipped with [Fe-S] clusters that, as purified, support in vitro formation of NifB-co. Proof of in vivo NifB-co formation was additionally obtained. NifX as purified from aerobically cultured S. cerevisiae coexpressing M. thermautotrophicus NifB with A. vinelandii NifU, NifS, and FdxN, and engineered yeast SAM synthase supported FeMo-co synthesis, indicative of NifX carrying in vivo-formed NifB-co. This study defines the minimal genetic determinants for the formation of the key precursor in the nitrogenase cofactor biosynthetic pathway in a eukaryotic organism.

Paraules clau

combinatorial designmitochondrianif genesnitrogen fixationAzotobacter vinelandiiAzotobacter-vinelandiiBacterial proteinsClusterCombinatorial designExpressionIdentificationIn-vitro synthesisIron compoundsIron-molybdenum cofactorMetabolic networks and pathwaysMethanocaldococcusMitochondriaMofe-proteinNif genesNitrogen fixationNitrogenaseProductPurificationRecombinant proteinsSaccharomyces cerevisiaeSulfurSynthetic biology

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Proceedings Of The National Academy Of Sciences Of The United States Of America a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2019, es trobava a la posició 8/71, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Multidisciplinary Sciences.

Des d'una perspectiva relativa, i atenent a l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la font Dimensions, proporciona un valor de: 3.93, el que indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: Dimensions Jul 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2025-07-20, el següent nombre de cites:

  • WoS: 13
  • Scopus: 33
  • Europe PMC: 10
  • Google Scholar: 38

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-07-20:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 81.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 86 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 42.75.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 55 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: United States of America.

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (BUREN, NILS STEFAN) i Últim Autor (RUBIO HERRERO, LUIS MANUEL).