{rfName}
eg

Indexat a

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Altmetrics

Grant support

This research was supported by the National Programme for Fostering Excellence in Scientific and Technical Research (Grant No. PGC2018-098073-A-I00 MCIU/AEI/FEDER, UE, to J.H.C.) and the Severo Ochoa Centres of Excellence Programme (Grant No. SEV-2016-0672 (2017-2021) to C.P.C.) from the State Research Agency (AEI) of Spain, as well as a Research Technical Support Staff Aid (PTA2019-017593-I/AEI/10.13039/501100011033 to A.H.P.); European Research Council grant MicroBioS (ERC-2014-AdG)-GA669830 (to P.B.). Cloud computing is supported by BMBF (de.NBI network #031A537B).

Anàlisi d'autories institucional

Cantalapiedra, CpAutor o coautorHernandez-Plaza, AAutor o coautorHuerta-Cepas, JAutor (correspondència)

Compartir

24 d’gener de 2022
Publicacions
>
Article

eggNOG-mapper v2: Functional Annotation, Orthology Assignments, and Domain Prediction at the Metagenomic Scale

Publicat a:Molecular Biology And Evolution. 38 (12): 5825-5829 - 2021-12-01 38(12), DOI: 10.1093/molbev/msab293

Autors: Cantalapiedra, Carlos P.; Hernandez-Plaza, Ana; Letunic, Ivica; Bork, Peer; Huerta-Cepas, Jaime;

Afiliacions

Biobyte Solut GmbH, Heidelberg, Germany - Autor o coautor
European Mol Biol Lab, Struct & Computat Biol Unit, Heidelberg, Germany - Autor o coautor
Univ Politecn Madrid UPM, Ctr Biotecnol & Genom Plantas, Inst Nacl Invest & Tecnol Agr & Alimentaria INIA, Campus Montegancedo UPM, Madrid, Spain - Autor o coautor
Univ Wurzburg, Bioctr, Dept Bioinformat, Wurzburg, Germany - Autor o coautor
Yonsei Univ, Yonsei Frontier Lab YFL, Seoul, South Korea - Autor o coautor
Veure més

Resum

Even though automated functional annotation of genes represents a fundamental step in most genomic and metagenomic workflows, it remains challenging at large scales. Here, we describe a major upgrade to eggNOG-mapper, a tool for functional annotation based on precomputed orthology assignments, now optimized for vast (meta)genomic data sets. Improvements in version 2 include a full update of both the genomes and functional databases to those from eggNOG v5, as well as several efficiency enhancements and new features. Most notably, eggNOG-mapper v2 now allows for: 1) de novo gene prediction from raw contigs, 2) built-in pairwise orthology prediction, 3) fast protein domain discovery, and 4) automated GFF decoration. eggNOG-mapper v2 is available as a standalone tool or as an online service at http://eggnogmapper.embl.de.

Paraules clau

BioinformaticsComputational genomicsDatabaseDatabases, geneticFunctional annotationGenomicsMetagenomeMetagenomicsMolecular sequence annotationPhylogenySoftware

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Molecular Biology And Evolution a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2021, es trobava a la posició 15/175, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Genetics & Heredity. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada per sobre del Percentil 90.

Aquesta publicació ha estat distingida com a “Highly Cited Paper” segons les agències WoS (ESI, Clarivate) i ESI (Clarivate), el que significa que se situa dins del 1% superior dels articles més citats en el seu camp temàtic durant l'any de la seva publicació. En termes de l'impacte observat de l'aportació, aquest treball és considerat com un dels més influents a nivell mundial, en ser considerat com a altament citat. (font consultada: ESI 14 Nov 2024)

I així ho demostren els altíssims impactes normalitzats a través d'alguns dels principals indicadors d'aquest tipus, i que encara que dinàmics en el temps i dependents del conjunt de citacions mitjanes mundials en el moment del seu càlcul, ja apunten a estar molt per sobre de la mitjana en diferents agències:

  • Normalització de cites relatives a la taxa de citació esperada (ESI) de l'agència Clarivate: 78.82 (font consultada: ESI 14 Nov 2024)
  • Mitjana Ponderada de l'Impacte Normalitzat de l'agència Scopus: 191.44 (font consultada: FECYT Febr 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la font Dimensions: 643.57 (font consultada: Dimensions Jul 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2025-07-16, el següent nombre de cites:

  • WoS: 1522
  • Scopus: 2125

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-07-16:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 1478.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 1571 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 71.65.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 56 (Altmetric).
  • El nombre de mencions a mitjans de comunicació: 2 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: Germany; Republic of Korea.

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (PEREZ CANTALAPIEDRA, CARLOS) i Últim Autor (HUERTA CEPAS, JAIME).

l'autor responsable d'establir les tasques de correspondència ha estat HUERTA CEPAS, JAIME.