{rfName}
JG

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Conde DAutor o coautorSebastián JAutor o coautorPerales MAutor o coautorAllona IAutor o coautor

Compartir

18 desetembre de 2023
Publicacions
>
Article
No

JGI Plant Gene Atlas: an updateable transcriptome resource to improve functional gene descriptions across the plant kingdom

Publicat a: Nucleic Acids Research. 51 (16): 8383-8401 - 2023-09-08 51(16), DOI: 10.1093/nar/gkad616

Autors:

Sreedasyam, A; Plott, C; Hossain, MS; Lovell, JT; Grimwood, J; Jenkins, JW; Daum, C; Barry, K; Carlson, J; Shu, SQ; Phillips, J; Amirebrahimi, M; Zane, M; Wang, M; Goodstein, D; Haas, FB; Hiss, M; Perroud, PF; Jawdy, SS; Yang, YG; Hu, RB; Johnson, J; Kropat, J; Gallaher, SD; Lipzen, A; Shakirov, E; Weng, XY; Torres-Jerez, I; Weers, B; Conde, D; Pappas, MR; Liu, LF; Muchlinski, A; Jiang, H; Shyu, C; Huang, P; Sebastian, J; Laiben, C; Medlin, A; Carey, S; Carrell, AA; Chen, JG; Perales, M; Swaminathan, K; Allona, I; Grattapaglia, D; Cooper, EA; Tholl, D; Vogel, JP; Weston, DJ; Yang, XH; Brutnell, TP; Kellogg, EA; Baxter, I; Udvardi, M; Tang, YH; Mockler, TC; Juenger, TE; Mullet, J; Rensing, SA; Tuskan, GA; Merchant, SS; Stacey, G; Schmutz, J
[+]

Afiliacions

BASF Corp, Durham, NC USA - Autor o coautor
Bayer Crop Sci, St Louis, MO USA - Autor o coautor
Clemson Univ, Adv Plant Technol Program, Clemson, SC USA - Autor o coautor
Clemson University - Autor o coautor
Donald Danforth Plant Sci Ctr, St Louis, MO USA - Autor o coautor
Donald Danforth Plant Science Center - Autor o coautor
EMBRAPA Recursos Genet & Biotecnol, Lab Genet Vegetal, EPQB Final W5 Norte, Brasilia, Brazil - Autor o coautor
Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia - Autor o coautor
Firmenich, San Diego, CA USA - Autor o coautor
GSK Vaccines GmbH, Emil von Behring Str, Marburg, Germany - Autor o coautor
Guardant Hlth Inc, 3100 Hanover St, Palo Alto, CA USA - Autor o coautor
HudsonAlpha Inst Biotechnol, Huntsville, AL 35806 USA - Autor o coautor
HudsonAlpha Institute for Biotechnology - Autor o coautor
HudsonAlpha Institute for Biotechnology , U.S. Department of Energy Joint Genome Institute - Autor o coautor
Indian Inst Sci Educ & Res, Dept Biol Sci, Berhampur IISER BPR, Berhampur, Odisha, India - Autor o coautor
Lawrence Berkeley Natl Lab, Environm Genom & Syst Biol, Berkeley, CA USA - Autor o coautor
Lawrence Berkeley Natl Lab, Joint Genome Inst, Berkeley, CA 94720 USA - Autor o coautor
Marshall Univ, Dept Biol Sci, Huntington, WV USA - Autor o coautor
Max Planck Inst Biol Tubingen, Dept Algal Dev & Evolut, Tubingen, Germany - Autor o coautor
McClintock LLC, St Louis, MO USA - Autor o coautor
Noble Res Inst, Ardmore, OK USA - Autor o coautor
Noble Research Institute - Autor o coautor
Oak Ridge National Laboratory - Autor o coautor
Oak Ridge Natl Lab, Biosci Div, Oak Ridge, TN USA - Autor o coautor
Oak Ridge Natl Lab, Ctr Bioenergy Innovat, Oak Ridge, TN USA - Autor o coautor
Philipps-Universität Marburg - Autor o coautor
Propper Asset Management, 17 Res Pk Dr, St Charles, MO USA - Autor o coautor
Saginaw High Sch, 800 N Blue Mound Rd, Saginaw, TX USA - Autor o coautor
Texas A&M University - Autor o coautor
Texas A&M AgriLife Res, College Stn, TX USA - Autor o coautor
Texas A&M Univ, Dept Biochem & Biophys, College Stn, TX USA - Autor o coautor
Texas A&M Univ, Dept Soil & Crop Sci, College Stn, TX USA - Autor o coautor
The University of Texas at Austin - Autor o coautor
U.S. Department of Energy Joint Genome Institute - Autor o coautor
Univ Calif Berkeley, Dept Mol & Cell Biol, QB3, Berkeley, CA USA - Autor o coautor
Univ Calif Berkeley, Dept Plant & Microbial Biol, QB3, Berkeley, CA USA - Autor o coautor
Univ Calif Los Angeles, Dept Chem & Biochem, Los Angeles, CA USA - Autor o coautor
Univ Calif Los Angeles, Inst Genom & Prote, Los Angeles, CA USA - Autor o coautor
Univ Freiburg, Fac Chem & Pharm, Freiburg, Germany - Autor o coautor
Univ Marburg, Fac Biol, Plant Cell Biol, Karl von Frisch Str, Marburg, Germany - Autor o coautor
Univ Missouri, Div Plant Sci & Technol, CS Bond Life Sci Ctr, Columbia, MO USA - Autor o coautor
Univ North Carolina Charlotte, Dept Bioinformat & Genom, Charlotte, NC USA - Autor o coautor
Univ Paris Saclay, Inst Jean Pierre Bourgin IJPB, INRAE, AgroParisTech, Versailles, France - Autor o coautor
Univ Politecn Madrid, Ctr Biotecnol & Genom Plantas, Inst Nacl Invest & Tecnol Agr & Alimentaria INIA C, Madrid, Spain - Autor o coautor
Univ Politecn Madrid, Escuela Tecn Super Ingn Agron Alimentaria & Biosis, Dept Biotecnol Biol Vegetal, Madrid, Spain - Autor o coautor
Univ Queensland, Ctr Crop Sci, Queensland Alliance Agr & Food Innovat, Brisbane, Australia - Autor o coautor
Univ Texas Austin, Dept Integrat Biol, Austin, TX USA - Autor o coautor
Universidad Politécnica de Madrid - Autor o coautor
University of California, Los Angeles - Autor o coautor
University of Missouri - Autor o coautor
Virginia Polytechnic Institute and State University - Autor o coautor
Virginia Tech, Dept Biol Sci, Blacksburg, VA USA - Autor o coautor
Veure més

Resum

Gene functional descriptions offer a crucial line of evidence for candidate genes underlying trait variation. Conversely, plant responses to environmental cues represent important resources to decipher gene function and subsequently provide molecular targets for plant improvement through gene editing. However, biological roles of large proportions of genes across the plant phylogeny are poorly annotated. Here we describe the Joint Genome Institute (JGI) Plant Gene Atlas, an updateable data resource consisting of transcript abundance assays spanning 18 diverse species. To integrate across these diverse genotypes, we analyzed expression profiles, built gene clusters that exhibited tissue/condition specific expression, and tested for transcriptional response to environmental queues. We discovered extensive phylogenetically constrained and condition-specific expression profiles for genes without any previously documented functional annotation. Such conserved expression patterns and tightly co-expressed gene clusters let us assign expression derived additional biological information to 64 495 genes with otherwise unknown functions. The ever-expanding Gene Atlas resource is available at JGI Plant Gene Atlas (https://plantgeneatlas.jgi.doe.gov) and Phytozome (https://phytozome.jgi.doe.gov/), providing bulk access to data and user-specified queries of gene sets. Combined, these web interfaces let users access differentially expressed genes, track orthologs across the Gene Atlas plants, graphically represent co-expressed genes, and visualize gene ontology and pathway enrichments.
[+]

Paraules clau

arabidopsisgrowth-stagesnetwork analysissorghum-bicolorsucrosetoleranceAtlases as topicExpression atlasGene expression regulation, plantGenes, plantGenome, plantPhylogenySoftwareTranscriptome

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Nucleic Acids Research a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2023, es trobava a la posició 6/313, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Biochemistry & Molecular Biology. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada per sobre del Percentil 90.

Des d'una perspectiva relativa, i tenint en compte l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir de les Citacions Mundials proporcionades per WoS (ESI, Clarivate), proporciona un valor per a la normalització de citacions relatives a la taxa de citació esperada de: 3.19. Això indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: ESI 13 Nov 2025)

Aquesta informació es reforça amb altres indicadors del mateix tipus, que encara que dinàmics en el temps i dependents del conjunt de citacions mitjanes mundials en el moment del seu càlcul, coincideixen a posicionar en algun moment el treball, entre el 50% més citats dins de la seva temàtica:

  • Mitjana Ponderada de l'Impacte Normalitzat de l'agència Scopus: 4.52 (font consultada: FECYT Mar 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2025-12-21, el següent nombre de cites:

  • WoS: 21
  • Scopus: 28
  • Google Scholar: 8
[+]

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-12-21:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 55.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 56 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 45.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 68 (Altmetric).
[+]

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: Australia; Brazil; France; Germany; India; United States of America.

[+]