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18 de septiembre de 2023
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JGI Plant Gene Atlas: an updateable transcriptome resource to improve functional gene descriptions across the plant kingdom

Publicado en: Nucleic Acids Research. 51 (16): 8383-8401 - 2023-09-08 51(16), DOI: 10.1093/nar/gkad616

Autores:

Sreedasyam, A; Plott, C; Hossain, MS; Lovell, JT; Grimwood, J; Jenkins, JW; Daum, C; Barry, K; Carlson, J; Shu, SQ; Phillips, J; Amirebrahimi, M; Zane, M; Wang, M; Goodstein, D; Haas, FB; Hiss, M; Perroud, PF; Jawdy, SS; Yang, YG; Hu, RB; Johnson, J; Kropat, J; Gallaher, SD; Lipzen, A; Shakirov, E; Weng, XY; Torres-Jerez, I; Weers, B; Conde, D; Pappas, MR; Liu, LF; Muchlinski, A; Jiang, H; Shyu, C; Huang, P; Sebastian, J; Laiben, C; Medlin, A; Carey, S; Carrell, AA; Chen, JG; Perales, M; Swaminathan, K; Allona, I; Grattapaglia, D; Cooper, EA; Tholl, D; Vogel, JP; Weston, DJ; Yang, XH; Brutnell, TP; Kellogg, EA; Baxter, I; Udvardi, M; Tang, YH; Mockler, TC; Juenger, TE; Mullet, J; Rensing, SA; Tuskan, GA; Merchant, SS; Stacey, G; Schmutz, J
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Afiliaciones

BASF Corp, Durham, NC USA - Autor o Coautor
Bayer Crop Sci, St Louis, MO USA - Autor o Coautor
Clemson Univ, Adv Plant Technol Program, Clemson, SC USA - Autor o Coautor
Clemson University - Autor o Coautor
Donald Danforth Plant Sci Ctr, St Louis, MO USA - Autor o Coautor
Donald Danforth Plant Science Center - Autor o Coautor
EMBRAPA Recursos Genet & Biotecnol, Lab Genet Vegetal, EPQB Final W5 Norte, Brasilia, Brazil - Autor o Coautor
Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia - Autor o Coautor
Firmenich, San Diego, CA USA - Autor o Coautor
GSK Vaccines GmbH, Emil von Behring Str, Marburg, Germany - Autor o Coautor
Guardant Hlth Inc, 3100 Hanover St, Palo Alto, CA USA - Autor o Coautor
HudsonAlpha Inst Biotechnol, Huntsville, AL 35806 USA - Autor o Coautor
HudsonAlpha Institute for Biotechnology - Autor o Coautor
HudsonAlpha Institute for Biotechnology , U.S. Department of Energy Joint Genome Institute - Autor o Coautor
Indian Inst Sci Educ & Res, Dept Biol Sci, Berhampur IISER BPR, Berhampur, Odisha, India - Autor o Coautor
Lawrence Berkeley Natl Lab, Environm Genom & Syst Biol, Berkeley, CA USA - Autor o Coautor
Lawrence Berkeley Natl Lab, Joint Genome Inst, Berkeley, CA 94720 USA - Autor o Coautor
Marshall Univ, Dept Biol Sci, Huntington, WV USA - Autor o Coautor
Max Planck Inst Biol Tubingen, Dept Algal Dev & Evolut, Tubingen, Germany - Autor o Coautor
McClintock LLC, St Louis, MO USA - Autor o Coautor
Noble Res Inst, Ardmore, OK USA - Autor o Coautor
Noble Research Institute - Autor o Coautor
Oak Ridge National Laboratory - Autor o Coautor
Oak Ridge Natl Lab, Biosci Div, Oak Ridge, TN USA - Autor o Coautor
Oak Ridge Natl Lab, Ctr Bioenergy Innovat, Oak Ridge, TN USA - Autor o Coautor
Philipps-Universität Marburg - Autor o Coautor
Propper Asset Management, 17 Res Pk Dr, St Charles, MO USA - Autor o Coautor
Saginaw High Sch, 800 N Blue Mound Rd, Saginaw, TX USA - Autor o Coautor
Texas A&M University - Autor o Coautor
Texas A&M AgriLife Res, College Stn, TX USA - Autor o Coautor
Texas A&M Univ, Dept Biochem & Biophys, College Stn, TX USA - Autor o Coautor
Texas A&M Univ, Dept Soil & Crop Sci, College Stn, TX USA - Autor o Coautor
The University of Texas at Austin - Autor o Coautor
U.S. Department of Energy Joint Genome Institute - Autor o Coautor
Univ Calif Berkeley, Dept Mol & Cell Biol, QB3, Berkeley, CA USA - Autor o Coautor
Univ Calif Berkeley, Dept Plant & Microbial Biol, QB3, Berkeley, CA USA - Autor o Coautor
Univ Calif Los Angeles, Dept Chem & Biochem, Los Angeles, CA USA - Autor o Coautor
Univ Calif Los Angeles, Inst Genom & Prote, Los Angeles, CA USA - Autor o Coautor
Univ Freiburg, Fac Chem & Pharm, Freiburg, Germany - Autor o Coautor
Univ Marburg, Fac Biol, Plant Cell Biol, Karl von Frisch Str, Marburg, Germany - Autor o Coautor
Univ Missouri, Div Plant Sci & Technol, CS Bond Life Sci Ctr, Columbia, MO USA - Autor o Coautor
Univ North Carolina Charlotte, Dept Bioinformat & Genom, Charlotte, NC USA - Autor o Coautor
Univ Paris Saclay, Inst Jean Pierre Bourgin IJPB, INRAE, AgroParisTech, Versailles, France - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, Ctr Biotecnol & Genom Plantas, Inst Nacl Invest & Tecnol Agr & Alimentaria INIA C, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, Escuela Tecn Super Ingn Agron Alimentaria & Biosis, Dept Biotecnol Biol Vegetal, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Queensland, Ctr Crop Sci, Queensland Alliance Agr & Food Innovat, Brisbane, Australia - Autor o Coautor
Univ Texas Austin, Dept Integrat Biol, Austin, TX USA - Autor o Coautor
Universidad Politécnica de Madrid - Autor o Coautor
University of California, Los Angeles - Autor o Coautor
University of Missouri - Autor o Coautor
Virginia Polytechnic Institute and State University - Autor o Coautor
Virginia Tech, Dept Biol Sci, Blacksburg, VA USA - Autor o Coautor
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Resumen

Gene functional descriptions offer a crucial line of evidence for candidate genes underlying trait variation. Conversely, plant responses to environmental cues represent important resources to decipher gene function and subsequently provide molecular targets for plant improvement through gene editing. However, biological roles of large proportions of genes across the plant phylogeny are poorly annotated. Here we describe the Joint Genome Institute (JGI) Plant Gene Atlas, an updateable data resource consisting of transcript abundance assays spanning 18 diverse species. To integrate across these diverse genotypes, we analyzed expression profiles, built gene clusters that exhibited tissue/condition specific expression, and tested for transcriptional response to environmental queues. We discovered extensive phylogenetically constrained and condition-specific expression profiles for genes without any previously documented functional annotation. Such conserved expression patterns and tightly co-expressed gene clusters let us assign expression derived additional biological information to 64 495 genes with otherwise unknown functions. The ever-expanding Gene Atlas resource is available at JGI Plant Gene Atlas (https://plantgeneatlas.jgi.doe.gov) and Phytozome (https://phytozome.jgi.doe.gov/), providing bulk access to data and user-specified queries of gene sets. Combined, these web interfaces let users access differentially expressed genes, track orthologs across the Gene Atlas plants, graphically represent co-expressed genes, and visualize gene ontology and pathway enrichments.
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Palabras clave

arabidopsisgrowth-stagesnetwork analysissorghum-bicolorsucrosetoleranceAtlases as topicExpression atlasGene expression regulation, plantGenes, plantGenome, plantPhylogenySoftwareTranscriptome

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Nucleic Acids Research debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2023, se encontraba en la posición 6/313, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Biochemistry & Molecular Biology. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 3.19. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 13 Nov 2025)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 4.52 (fuente consultada: FECYT Mar 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-12-22, el siguiente número de citas:

  • WoS: 21
  • Scopus: 28
  • Google Scholar: 8
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-12-22:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 55.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 56 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 45.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 68 (Altmetric).
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Australia; Brazil; France; Germany; India; United States of America.

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