{rfName}
Id

Indexat a

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Citacions

28

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Santamaria-Hernando, SarayAutor o coautor

Compartir

9 dejuny de 2019
Publicacions
>
Article
Sí

Identification of a Novel Calcium Binding Motif Based on the Detection of Sequence Insertions in the Animal Peroxidase Domain of Bacterial Proteins

Publicat a: Plos One. 7 (7): e40698- - 2012-07-13 7(7), DOI: 10.1371/journal.pone.0040698

Autors:

Santamaria-Hernando, Saray; Krell, Tino; Ramos-Gonzalez, Maria-Isabel;
[+]

Afiliacions

Estac Expt Zaidin Consejo Super Invest CSIC, Environm Protect Dept, Granada, Spain - Autor o coautor

Resum

Proteins of the animal heme peroxidase (ANP) superfamily differ greatly in size since they have either one or two catalytic domains that match profile PS50292. The orf PP_2561 of Pseudomonas putida KT2440 that we have called PepA encodes a two-domain ANP. The alignment of these domains with those of PepA homologues revealed a variable number of insertions with the consensus G-x-D-G-x-x-[GN]-[TN]-x-D-D. This motif has also been detected in the structure of pseudopilin (pdb 3G20), where it was found to be involved in Ca2+ coordination although a sequence analysis did not reveal the presence of any known calcium binding motifs in this protein. Isothermal titration calorimetry revealed that a peptide containing this consensus motif bound specifically calcium ions with affinities ranging between 33-79 mu M depending on the pH. Microcalorimetric titrations of the purified N-terminal ANP-like domain of PepA revealed Ca2+ binding with a K-D of 12 mu M and stoichiometry of 1.25 calcium ions per protein monomer. This domain exhibited peroxidase activity after its reconstitution with heme. These data led to the definition of a novel calcium binding motif that we have termed PERCAL and which was abundantly present in animal peroxidase-like domains of bacterial proteins. Bacterial heme peroxidases thus possess two different types of calcium binding motifs, namely PERCAL and the related hemolysin type calcium binding motif, with the latter being located outside the catalytic domains and in their C-terminal end. A phylogenetic tree of ANP-like catalytic domains of bacterial proteins with PERCAL motifs, including single domain peroxidases, was divided into two major clusters, representing domains with and without PERCAL motif containing insertions. We have verified that the recently reported classification of bacterial heme peroxidases in two families (cd09819 and cd09821) is unrelated to these insertions. Sequences matching PERCAL were detected in all kingdoms of life.
[+]

Paraules clau

Escherichia-coliInactivationLignin peroxidaseMn(ii) oxidationNodulationPseudomonas-putida

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Plos One a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2012, es trobava a la posició 7/56, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Multidisciplinary Sciences.

Independentment de l'impacte esperat determinat pel canal de difusió, és important destacar l'impacte real observat de la pròpia aportació.

Segons les diferents agències d'indexació, el nombre de citacions acumulades per aquesta publicació fins a la data 2025-12-21:

  • WoS: 12
  • Scopus: 14
[+]

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-12-21:

  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 37 (PlumX).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.
  • Assignació d'un Handle/URN com a identificador dins del Dipòsit en el Repositori Institucional: https://oa.upm.es/86221/

Com a resultat de la publicació del treball en el repositori institucional, s'han obtingut dades estadístiques d'ús que reflecteixen el seu impacte. En termes de difusió, podem afirmar que, fins a la data

  • Visualitzacions: 119
  • Descàrregues: 21
[+]

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (SANTAMARIA HERNANDO, SARAY) .

[+]

Reconeixements vinculats a l’ítem

S.S.H. was granted with a predoctoral fellowship from Junta de Andalucia. This work was supported by grants P07-CVI-03156 from Junta de Andalucia http://www.juntadeandalucia.es/organismos/economiainnovacionyciencia/ and EDFR, and BFU2010-17946 from the Plan Nacional de I+D+I http://www.idi.mineco.gob.es/portal/site/MICINN/ and EDFR to M.I.R.G. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.
[+]