{rfName}
Th

Indexat a

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Altmetrics

Grant support

This work was supported by the Research Foundation Flanders (FWO) through the projects G005312N, G004515N and G008417N to AG, a predoctoral fellowship to EC, postdoctoral fellowships to JP, PF-C and LP, and by the European Community's Horizon2020 Program under grant agreement 760331-Newcotiana. The authors thank Rebecca De Clercq and Robin Vanden Bossche for excellent technical assistance, Geert Goeminne and Steven Vandersyppe (VIB Metabolomics Core) for processing of the LC-MS chromatograms and Annick Bleys for help with preparing the manuscript. In addition, the authors thank Siobhan Brady and Kaisa Kajala for training GS in the use of CRISPR-Cas9 genome editing and the generation of tomato hairy roots while hosting her in Siobhan Brady's laboratory.

Anàlisi d'autories institucional

Fernandez-Calvo, PAutor o coautor

Compartir

31 d’agost de 2022
Publicacions
>
Article

The basic helix-loop-helix transcription factors MYC1 and MYC2 have a dual role in the regulation of constitutive and stress-inducible specialized metabolism in tomato

Publicat a:New Phytologist. 236 (3): 911-928 - 2022-08-15 236(3), DOI: 10.1111/nph.18379

Autors: Swinnen, Gwen; De Meyer, Margaux; Pollier, Jacob; Molina-Hidalgo, Francisco Javier; Ceulemans, Evi; Venegas-Molina, Jhon; De Milde, Liesbeth; Fernandez-Calvo, Patricia; Ron, Mily; Pauwels, Laurens; Goossens, Alain;

Afiliacions

Univ Calif Davis, Dept Plant Biol, Davis, CA 95616 USA - Autor o coautor
Univ Ghent, Dept Plant Biotechnol & Bioinformat, B-9052 Ghent, Belgium - Autor o coautor
VIB Ctr Plant Syst Biol, B-9052 Ghent, Belgium - Autor o coautor
VIB Metabol Core, B-9052 Ghent, Belgium - Autor o coautor

Resum

Plants produce specialized metabolites to protect themselves from biotic enemies. Members of the Solanaceae family accumulate phenylpropanoid-polyamine conjugates (PPCs) in response to attackers while also maintaining a chemical barrier of steroidal glycoalkaloids (SGAs). Across the plant kingdom, biosynthesis of such defense compounds is promoted by jasmonate signaling in which clade IIIe basic helix-loop-helix (bHLH) transcription factors play a central role. By characterizing hairy root mutants obtained through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)-CRISPR associated protein 9 (CRISPR-Cas9) genome editing, we show that the tomato clade IIIe bHLH transcription factors, MYC1 and MYC2, redundantly control jasmonate-inducible PPC and SGA production, and are also essential for constitutive SGA biosynthesis. Double myc1 myc2 loss-of-function tomato hairy roots displayed suppressed constitutive expression of SGA biosynthesis genes, and severely reduced levels of the main tomato SGAs alpha-tomatine and dehydrotomatine. In contrast, basal expression of genes involved in PPC biosynthesis was not affected. CRISPR-Cas9(VQR) genome editing of a specific cis-regulatory element, targeted by MYC1/2, in the promoter of a SGA precursor biosynthesis gene led to decreased constitutive expression of this gene, but did not affect its jasmonate inducibility. Our results demonstrate that clade IIIe bHLH transcriptional regulators have evolved under the control of distinct regulatory cues to specifically steer constitutive and stress-inducible specialized metabolism.

Paraules clau

ActivationAgrobacterium-rhizogenesCis-regulatory elementCrispr-cas9DehydrotomatineGene-expressionHydroxylationJasmonateJasmonate (ja)MycNicotine biosynthesisPhenylpropanoid-polyamine conjugatesPlantSolanum lycopersicum (tomato)Specialized metabolismSteroidal alkaloidsSteroidal glycoalkaloid biosynthesisTobacco

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista New Phytologist a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2022, es trobava a la posició 11/239, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Plant Sciences. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada per sobre del Percentil 90.

Des d'una perspectiva relativa, i atenent a l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir de les Citacions Mundials de Scopus Elsevier, proporciona un valor per a la mitjana Ponderada de l'Impacte Normalitzat de l'agència Scopus: 3.52, el que indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: ESI 14 Nov 2024)

Aquesta informació es reforça amb altres indicadors del mateix tipus, que encara que dinàmics en el temps i dependents del conjunt de citacions mitjanes mundials en el moment del seu càlcul, coincideixen a posicionar en algun moment el treball, entre el 50% més citats dins de la seva temàtica:

  • Field Citation Ratio (FCR) de la font Dimensions: 9.66 (font consultada: Dimensions Jul 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2025-07-05, el següent nombre de cites:

  • WoS: 1
  • Scopus: 32

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-07-05:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 38.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 38 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 12.45.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 19 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: Belgium; United States of America.