{rfName}
En

Indexat a

Llicència i ús

Citacions

79

Altmetrics

Plum Print visual indicator of research metrics
PlumX Metrics
  • Citas
    • Índice de Citas: 67
  • Uso
    • Descargas: 8
    • Vistas de Resumen: 2
  • Capturas
    • Lectores: 129
  • Menciones
    • Referencias: 1
Ver detalles
Article has an altmetric score of 7

Anàlisi d'autories institucional

Carvalho HfAutor o coautor
Compartir
Publicacions
>
Article

EnvRtype: A software to interplay enviromics and quantitative genomics in agriculture

Publicat a:G3-Genes Genomes Genetics. 11 (4): - 2021-04-01 11(4), DOI: 10.1093/g3journal/jkab040

Autors: Costa-Neto G; Galli G; Carvalho HF; Crossa J; Fritsche-Neto R

Afiliacions

Colegio Postgrad, Montecillos 56264, Edo De Mexico, Mexico - Autor o coautor
Int Maize & Wheat Improvement Ctr CIMMYT, Biometr & Stat Unit, Km 45 Carretera Mexico Veracruz,El Batan Km 45, El Batan 56237, Texcoco, Mexico - Autor o coautor
Int Rice Res Inst IRRI, Quantitat Genet & Biometr Cluster, Los Banos, Philippines - Autor o coautor
Univ Sao Paulo, Luiz de Queiroz Agr Coll, Dept Genet, Sao Paulo, Brazil - Autor o coautor

Resum

Envirotyping is an essential technique used to unfold the nongenetic drivers associated with the phenotypic adaptation of living organisms. Here, we introduce the EnvRtype R package, a novel toolkit developed to interplay large-scale envirotyping data (enviromics) into quantitative genomics. To start a user-friendly envirotyping pipeline, this package offers: (1) remote sensing tools for collecting (get_weather and extract_GIS functions) and processing ecophysiological variables (processWTH function) from raw environmental data at single locations or worldwide; (2) environmental characterization by typing environments and profiling descriptors of environmental quality (env_typing function), in addition to gathering environmental covariables as quantitative descriptors for predictive purposes (W_matrix function); and (3) identification of environmental similarity that can be used as an enviromic-based kernel (env_typing function) in whole-genome prediction (GP), aimed at increasing ecophysiological knowledge in genomic best-unbiased predictions (GBLUP) and emulating reaction norm effects (get_kernel and kernel_model functions). We highlight literature mining concepts in fine-tuning envirotyping parameters for each plant species and target growing environments. We show that envirotyping for predictive breeding collects raw data and processes it in an eco-physiologically smart way. Examples of its use for creating global-scale envirotyping networks and integrating reaction-norm modeling in GP are also outlined. We conclude that EnvRtype provides a cost-effective envirotyping pipeline capable of providing high quality enviromic data for a diverse set of genomic-based studies, especially for increasing accuracy in GP across untested growing environments.

Paraules clau
environmentenvironmental characterizationenvirotypinggenotypeimpacttemperaturetrialsyieldEnabled predictionEnvironmental characterizationEnvirotypingGxe: genotype x environment interactionG_e: genotype _ environment interaction

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista G3-Genes Genomes Genetics a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència Scopus (SJR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2021, es trobava a la posició , aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Medicine (Miscellaneous).

Des d'una perspectiva relativa, i tenint en compte l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir de les Citacions Mundials proporcionades per WoS (ESI, Clarivate), proporciona un valor per a la normalització de citacions relatives a la taxa de citació esperada de: 1.53. Això indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: ESI 14 Nov 2024)

Aquesta informació es reforça amb altres indicadors del mateix tipus, que encara que dinàmics en el temps i dependents del conjunt de citacions mitjanes mundials en el moment del seu càlcul, coincideixen a posicionar en algun moment el treball, entre el 50% més citats dins de la seva temàtica:

  • Mitjana Ponderada de l'Impacte Normalitzat de l'agència Scopus: 6.2 (font consultada: FECYT Febr 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la font Dimensions: 22.78 (font consultada: Dimensions May 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2025-05-03, el següent nombre de cites:

  • WoS: 12
  • Scopus: 67
  • OpenCitations: 68
Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-05-03:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 133.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 129 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 6.1.
  • El nombre de mencions a la xarxa social Facebook: 3 (Altmetric).
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 10 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.
Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: Brazil; Mexico; Philippines.