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Liu, YangAutor o CoautorLiu YAutor o CoautorGonzález-Bodi SAutor o CoautorHuerta-Cepas JAutor (correspondencia)Iranzo JAutor (correspondencia)

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13 de noviembre de 2023
Publicaciones
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Artículo

Comparison of gene clustering criteria reveals intrinsic uncertainty in pangenome analyses

Publicado en:Genome Biology. 24 (1): 250- - 2023-01-01 24(1), DOI: 10.1186/s13059-023-03089-3

Autores: Manzano-Morales S; Liu Y; González-Bodí S; Huerta-Cepas J; Iranzo J

Afiliaciones

CSIC-UPM-INIA-CBGP - Centro de Biotecnología y Genómica de Plantas - Autor o Coautor
CSIC-UPM-INIA-CBGP - Centro de Biotecnología y Genómica de Plantas , IRB Barcelona - Institute for Research in Biomedicine - Autor o Coautor
CSIC-UPM-INIA-CBGP - Centro de Biotecnología y Genómica de Plantas , South China Agricultural University - Autor o Coautor
CSIC-UPM-INIA-CBGP - Centro de Biotecnología y Genómica de Plantas , Universidad de Zaragoza - Autor o Coautor

Resumen

Background: A key step for comparative genomics is to group open reading frames into functionally and evolutionarily meaningful gene clusters. Gene clustering is complicated by intraspecific duplications and horizontal gene transfers that are frequent in prokaryotes. In consequence, gene clustering methods must deal with a trade-off between identifying vertically transmitted representatives of multicopy gene families, which are recognizable by synteny conservation, and retrieving complete sets of species-level orthologs. We studied the implications of adopting homology, orthology, or synteny conservation as formal criteria for gene clustering by performing comparative analyses of 125 prokaryotic pangenomes. Results: Clustering criteria affect pangenome functional characterization, core genome inference, and reconstruction of ancestral gene content to different extents. Species-wise estimates of pangenome and core genome sizes change by the same factor when using different clustering criteria, allowing robust cross-species comparisons regardless of the clustering criterion. However, cross-species comparisons of genome plasticity and functional profiles are substantially affected by inconsistencies among clustering criteria. Such inconsistencies are driven not only by mobile genetic elements, but also by genes involved in defense, secondary metabolism, and other accessory functions. In some pangenome features, the variability attributed to methodological inconsistencies can even exceed the effect sizes of ecological and phylogenetic variables. Conclusions: Choosing an appropriate criterion for gene clustering is critical to conduct unbiased pangenome analyses. We provide practical guidelines to choose the right method depending on the research goals and the quality of genome assemblies, and a benchmarking dataset to assess the robustness and reproducibility of future comparative studies.

Palabras clave

Accessory genomeCluster analysisComparative genomicsCore geneGenome plasticityGenome sizeHomologyMagOrthologyPangenomePhylogenyReproducibility of resultsUncertainty

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Genome Biology debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2023, se encontraba en la posición 9/174, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Genetics & Heredity. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales de Scopus Elsevier, arroja un valor para la media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 1.16, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 4.17 (fuente consultada: Dimensions Jul 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-07-15, el siguiente número de citas:

  • Scopus: 5
  • Europe PMC: 1

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-15:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 21.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 25 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 30.9.
  • El número de menciones en la red social Facebook: 1 (Altmetric).
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 31 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: China; Iran.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Manzano-Morales S) y Último Autor (IRANZO SANZ, JAIME IGNACIO).

los autores responsables de establecer las labores de correspondencia han sido HUERTA CEPAS, JAIME y IRANZO SANZ, JAIME IGNACIO.