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Lopez-Fernandez MAutor o CoautorGarcia-Abadillo JAutor o CoautorRuiz MAutor o CoautorGiraldo PAutor (correspondencia)Pascual LAutor o Coautor

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20 de noviembre de 2023
Publicaciones
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Artículo
Sí

Genome wide association in Spanish bread wheat landraces identifies six key genomic regions that constitute potential targets for improving grain yield related traits

Publicado en: THEORETICAL AND APPLIED GENETICS. 136 (12): 244- - 2023-12-01 136(12), DOI: 10.1007/s00122-023-04492-x

Autores:

López-Fernández, M; García-Abadillo, J; Uauy, C; Ruiz, M; Giraldo, P; Pascual, L
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Afiliaciones

CSIC-INIA - Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria - Autor o Coautor
Inst Nacl Invest & Tecnol Agr & Alimentaria INIA C, Autovia A2,Km 36-2 Finca Canaleja, Madrid 28805, Spain - Autor o Coautor
Norwich Res Pk, John Innes Ctr, Norwich NR4 7UH, England - Autor o Coautor
Norwich Research Park - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid UPM, Ctr Biotechnol & Plant Genom CBGP, Dept Biotechnol & Plant Biol, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid UPM, Sch Agr Food & Biosyst Engn ETSIAAB, Dept Biotechnol Plant Biol, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Universidad Politécnica de Madrid - Autor o Coautor
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Resumen

Key message: Association mapping conducted in 189 Spanish bread wheat landraces revealed six key genomic regions that constitute stable QTLs for yield and include 15 candidate genes. Abstract: Genetically diverse landraces provide an ideal population to conduct association analysis. In this study, association mapping was conducted in a collection of 189 Spanish bread wheat landraces whose genomic diversity had been previously assessed. These genomic data were combined with characterization for yield-related traits, including grain size and shape, and phenological traits screened across five seasons. The association analysis revealed a total of 881 significant marker trait associations, involving 434 markers across the genome, that could be grouped in 366 QTLs based on linkage disequilibrium. After accounting for days to heading, we defined 33 high density QTL genomic regions associated to at least four traits. Considering the importance of detecting stable QTLs, 6 regions associated to several grain traits and thousand kernel weight in at least three environments were selected as the most promising ones to harbour targets for breeding. To dissect the genetic cause of the observed associations, we studied the function and in silico expression of the 413 genes located inside these six regions. This identified 15 candidate genes that provide a starting point for future analysis aimed at the identification and validation of wheat yield related genes.
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Palabras clave

agronomic traitsframeworkgeneincreasesosbak1riceselectionvisualizationweightBreadChromosome mappingEdible grainGenome-wide association studyGenomicsPhenotypePlant breedingTranscription factorsTriticum

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista THEORETICAL AND APPLIED GENETICS debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2023, se encontraba en la posición 14/126, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Agronomy.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-27:

  • WoS: 3
  • Scopus: 2
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-27:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 26.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 21 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 4.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 8 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://oa.upm.es/86469/

Como resultado de la publicación del trabajo en el repositorio institucional, se han obtenido datos estadísticos de uso que reflejan su impacto. En términos de difusión, podemos afirmar que, hasta la fecha

  • Visualizaciones: 116
  • Descargas: 40
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: United Kingdom.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (LOPEZ FERNANDEZ, MATILDE) y Último Autor (PASCUAL BAÑULS, LAURA).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido GIRALDO CARBAJO, PATRICIA.

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