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Delgado Sanz, Maria SoledadAutor (correspondencia)Delgado, SoledadAutor (correspondencia)

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26 de noviembre de 2024
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Artículo
Sí

Incipient functional SARS-CoV-2 diversification identified through neural network haplotype maps

Publicado en: Proceedings Of The National Academy Of Sciences Of The United States Of America. 121 (10): e2317851121- - 2024-03-05 121(10), DOI: 10.1073/pnas.2317851121

Autores: Delgado, S; Somovilla, P; Ferrer-Orta, C; Martínez- González, B; Vázquez-Monteagudo, S; Muñoz-Flores, J; Soria, ME; García-Crespo, C; de Avila, AI; Durán-Pastor, A; Gadea, I; López- Galíndez, C; Moran, F; Lorenzo-Redondo, R; Verdaguer, N; Perales, C; Domingo, E

Afiliaciones

CSIC, Ctr Biol Mol Severo Ochoa CSIC UAM, Microbes Hlth & Welf Program, Madrid 28049, Spain - Autor o Coautor
CSIC, Ctr Nacl Biotecnol, Dept Mol & Cell Biol, Madrid 28049, Spain - Autor o Coautor
CSIC, Inst Biol Mol Barcelona, Struct & Mol Biol Dept, Barcelona 08028, Spain - Autor o Coautor
Global Management Solut SL, Torre Picasso 28020, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Inst Salud Carlos IIII, Ctr Nacl Microbiol, Unidad Virol Mol, Lab Referencia & Invest Retrovirus, Majadahonda 28222, Spain - Autor o Coautor
Northwestern Univ, Feinberg Sch Med, Havey Inst Global Hlth, Div Infect Dis,Dept Med,Ctr Pathogen Genom & Micro, Chicago, IL 60611 USA - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid, Dept Biol Mol, Madrid 28049, Spain - Autor o Coautor
Univ Autonoma Madrid, Fdn Jimenez Diaz Univ Hosp, Inst Invest Sanitaria, Dept Clin Microbiol, Madrid 28040, Spain - Autor o Coautor
Univ Complutense Madrid, Dept Bioquim & Biol Mol, Madrid 28040, Spain - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, Escuela Tecn Super Ingn Sistemas Informat, Dept Sistemas Informat, Madrid 28031, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

Since its introduction in the human population, SARS-CoV-2 has evolved into multiple clades, but the events in its intrahost diversification are not well understood. Here, we compare three- dimensional (3D) self- organized neural haplotype maps (SOMs) of SARS-CoV-2 from thirty individual nasopharyngeal diagnostic samples obtained within a 19- day interval in Madrid (Spain), at the time of transition between clades 19 and 20. SOMs have been trained with the haplotype repertoire present in the mutant spectra of the nsp12- and spike (S)- coding regions. Each SOM consisted of a dominant neuron (displaying the maximum frequency), surrounded by a low- frequency neuron cloud. The sequence of the master (dominant) neuron was either identical to that of the reference Wuhan- Hu- 1 genome or differed from it at one nucleotide position. Six different deviant haplotype sequences were identified among the master neurons. Some of the substitutions in the neural clouds affected critical sites of the nsp12-nsp8-nsp7 polymerase complex and resulted in altered kinetics of RNA synthesis in an in vitro primer extension assay. Thus, the analysis has identified mutations that are relevant to modification of viral RNA synthesis, present in the mutant clouds of SARS-CoV-2 quasispecies. These mutations most likely occurred during intrahost diversification in several COVID-19 patients, during an initial stage of the pandemic, and within a brief time period.

Palabras clave

AccurateClade transitionCladetransitionCovid-1Covid-19ExoribonucleaseFidelityHaplotypesHumansIntrahost evolutioIntrahost evolutionMutationsReplicationRna, viralSars-associated coronavirusSars-cov-2Self- organized mapsSelf-organized mapsSpikeViral nonstructural proteinsViral quasispecies

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Proceedings Of The National Academy Of Sciences Of The United States Of America debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2024 aún no existen indicios calculados, pero en 2023, se encontraba en la posición 14/135, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Multidisciplinary Sciences. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2025-12-05:

  • WoS: 4
  • Scopus: 9

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-12-05:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 10.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 10 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 19.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 5 (Altmetric).
  • El número de menciones en medios de comunicación: 1 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: United States of America.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (DELGADO BERROCAL, SONIA) .

los autores responsables de establecer las labores de correspondencia han sido DELGADO SANZ, MARIA SOLEDAD y DELGADO BERROCAL, SONIA.

Reconocimientos ligados al ítem

Institutional support from Global Management Solutions and valuable discussions are acknowledged. The work at UPM was supported by grants PID2019-104903RB-100 and PID2022-139908OB-I00, funded by MCIN/AEI/10.13039/501100011033 and by ERDF A way of making Europe. The work at FJD was supported by project PI21/00139 from Instituto de Salud Carlos III, co-funded by the European Union. The work at CSIC was supported by PID2020-113888RB-I00, PID2020-117976GB-I00, and 202220I116 from Ministerio de Ciencia e Innovacion and S2018/BAA-4370 (PLATESA2 from Comunidad de Madrid/FEDER). This research work was also funded by the European Commission - NextGenerationEU (regulation EU 2020/2094), through the CSIC's Global Health Platform (PTI Salud Global), and Fundacio La Marato de TV3 (project 525/C/2021), grants 202136-30 and 202136-31. Institutional grants from the Fundacion Ramon Areces and Banco Santander to the CBMSO are also acknowledged. The team at CBMSO belongs to the Global Virus Network (GVN). Work at Centro Nacional de Microbiologia (ISCIII) was supported by grants SAF2016-77894-R from MINECO and PI13/02269 from ISCIII. The work at Universidad Complutense Madrid has been supported by research grant CTQ2017-87864-C2-2-P, from MINECO. B.M.-G. is supported by predoctoral contract PFIS FI19/00119 from ISCIII, cofinanced by Fondo Social Europeo (FSE). A.D.-P. is supported by the contract 13-2022-008566 cofinanced by the Comunidad de Madrid, through the Programa Investigo, en el marco del Plan de Recuperacion, Transformacion y Resiliencia, financed by the European Union-Next Generation EU. P.S. is supported by postdoctoral contract "Margarita Salas" CA1/RSUE/2021 from MCIU. C.G.-C. is supported by predoctoral contract PRE2018-083422 from MCIU.