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The Theranostic Genome

Publicado en:Nature Communications. 15 (1): 10904- - 2024-12-30 15(1), DOI: 10.1038/s41467-024-55291-x

Autores: Xu, XY; Jané, P; Taelman, V; Jané, E; Dumont, RA; Garama, Y; Kim, F; Gómez, MD; Gariani, K; Walter, MA

Afiliaciones

Resumen

Theranostic drugs represent an emerging path to deliver on the promise of precision medicine. However, bottlenecks remain in characterizing theranostic targets, identifying theranostic lead compounds, and tailoring theranostic drugs. To overcome these bottlenecks, we present the Theranostic Genome, the part of the human genome whose expression can be utilized to combine therapeutic and diagnostic applications. Using a deep learning-based hybrid human-AI pipeline that cross-references PubMed, the Gene Expression Omnibus, DisGeNET, The Cancer Genome Atlas and the NIH Molecular Imaging and Contrast Agent Database, we bridge individual genes in human cancers with respective theranostic compounds. Cross-referencing the Theranostic Genome with RNAseq data from over 17'000 human tissues identifies theranostic targets and lead compounds for various human cancers, and allows tailoring targeted theranostics to relevant cancer subpopulations. We expect the Theranostic Genome to facilitate the development of new targeted theranostics to better diagnose, understand, treat, and monitor a variety of human cancers.

Palabras clave

(he)3 zher3(08698) dotaga in 111AblationAmino acid sequenceAmino acid substitutionArticleArtificial intelligenceBile duct carcinomaBone marrow cellCancerCancer tissueCastration resistant prostate cancerChromophobe renal cell carcinomaChx a'' dtpa dupa pep ga 68Clear cell papillary renal cell carcinomaColon adenocarcinomaControlled studyCyclooctyne dota mmpi ga 68CytoscapeDatabaseDeep learningDisease treatmentDota chce7 lu 177Dota peg antiepcam aptamer cu 64Dota rituximab lu 177Dtpa (anti hcg) in 11Dtpa anti myosin in 111Gene expressionGeneticsGenomeGenome, humanHbed cc azepin metmab ga 68HumansHynic aptedb tc 99mHynic chk tc 99mInvasive breast cancerKnowledge gapLiver cell carcinomaLung adenocarcinomaMaleMalignant neoplasmMedical subject headingsMedicineMedlineMesotheliomaMetastatic castration resistant prostate cancerMolecular imagingNatural killer cellNatural language processingNeoplasmNeoplasmsNota msa ga 68OncogenomicsPancreas adenocarcinomaPapillary renal cell carcinomaParagangliomaPeptidePersonalized cancer therapyPersonalized medicinePetPheochromocytomaPleiotropyPrecision medicinePredictionProceduresProstate adenocarcinomaProstate tissueProteomeRadioiodineRadiotracerReceptorRectal adenocarcinomaRna sequencingSarcomaSquamous cell lung carcinomaStomach adenocarcinomaTesticular germ cell tumorTheranostic nanomedicineTherapyThyroid carcinomaTracerTranscriptomeTransitional cell carcinoma of the bladderUnclassified drugUterine carcinosarcomaUterine cervix cancerUvea melanomaY chromosome

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Nature Communications debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2024 aún no existen indicios calculados, pero en 2023, se encontraba en la posición 8/134, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Multidisciplinary Sciences. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

2025-05-28:

  • Scopus: 1

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-05-28:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 17.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 16 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 47.
  • El número de menciones en la red social Facebook: 1 (Altmetric).
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 2 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Switzerland.