{rfName}
In

Indexado en

Licencia y uso

Icono OpenAccess

Citaciones

3

Altmetrics

Investigadores/as Institucionales

Conde, DanielAutor o Coautor

Compartir

9 de febrero de 2025
Publicaciones
>
Review
Hybrid Gold

Investigating biological nitrogen fixation via single-cell transcriptomics

Publicado en: Journal Of Experimental Botany. 76 (4): 931-949 - 2025-01-31 76(4), DOI: 10.1093/jxb/erae454

Autores:

Pereira WJ; Conde D; Perron N; Schmidt HW; Dervinis C; Venado RE; Ané JM; Kirst M
[+]

Afiliaciones

Univ Florida, Sch Forest Fisheries & Geomat Sci, Gainesville, FL 32611 USA - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, Ctr Biotecnol & Genom Plantas, Inst Nacl Invest & Tecnol Agr & Alimentaria INIA C, Madrid 28223, Spain - Autor o Coautor
Univ Wisconsin, Dept Bacteriol, Madison, WI 53706 USA - Autor o Coautor
Univ Wisconsin, Dept Plant & Agroecosyst Sci, Madison, WI 53706 USA - Autor o Coautor
Ver más

Resumen

The extensive use of nitrogen fertilizers has detrimental environmental consequences, and it is essential for society to explore sustainable alternatives. One promising avenue is engineering root nodule symbiosis, a naturally occurring process in certain plant species within the nitrogen-fixing clade, into non-leguminous crops. Advancements in single-cell transcriptomics provide unprecedented opportunities to dissect the molecular mechanisms underlying root nodule symbiosis at the cellular level. This review summarizes key findings from single-cell studies in Medicago truncatula, Lotus japonicus, and Glycine max. We highlight how these studies address fundamental questions about the development of root nodule symbiosis, including the following findings: (i) single-cell transcriptomics has revealed a conserved transcriptional program in root hair and cortical cells during rhizobial infection, suggesting a common infection pathway across legume species; (ii) characterization of determinate and indeterminate nodules using single-cell technologies supports the compartmentalization of nitrogen fixation, assimilation, and transport into distinct cell populations; (iii) single-cell transcriptomics data have enabled the identification of novel root nodule symbiosis genes and provided new approaches for prioritizing candidate genes for functional characterization; and (iv) trajectory inference and RNA velocity analyses of single-cell transcriptomics data have allowed the reconstruction of cellular lineages and dynamic transcriptional states during root nodule symbiosis. Single-cell genomics of root nodule symbiosis has revealed its molecular and cellular development program. We review the published literature to identify consistent yet previously hidden features of this symbiosis.
[+]

Palabras clave

BacteriaDependent protein-kinaseExpressionGene familyLegume noduleLotus japonicusMedicago truncatulaMedicago-truncatulaNitrogen fixationNodulationNodule organogenesisPlantRna-sequencingRootRoot nodule symbiosisSingle-cellSoybeaSoybean

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Journal Of Experimental Botany debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2025, se encontraba en la posición 24/273, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Plant Sciences. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2025-12-21:

  • Scopus: 1
[+]

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-12-21:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 11.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 11 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 9.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 10 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
[+]

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: United States of America.

[+]

Reconocimientos ligados al ítem

This work was supported by the United States Department of Energy (DOE) Office of Science Biological and Environmental Research (grant DE-SC-0018247) to MK and JMA.
[+]