Este trabajo describe un sistema de procesamiento de imágenes digitales para la enumeración de núcleos de células madre neurales. El principal objetivo es contar el número de núcleos celulares en una imagen, proveniente del microscopio, y cuántos de ellos contienen una determinada proteína receptora, R1, en su citoplasma. Con este fin se ha diseñado un conjunto de algoritmos para una eficiente segmentación de las células. Transformaciones no lineales en las imágenes de color junto a técnicas de descomposición del histograma en distribuciones cuasi normales marcan la etapa de preprocesado y umbralización. El postprocesado exige un tratamiento morfológico con elementos estructurantes en forma ovalada. Además, para resolver el problema de solapamiento de los núcleos se ha empleado información de los contornos celulares que ha mejorado los resultados del tradicional algoritmo ‘watershed’, ampliamente utilizado en el solapamiento de las células.