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Belhajjame K.Autor (correspondencia)Garijo, DAutor o CoautorCorcho, OAutor o Coautor

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17 de octubre de 2018
Publicaciones
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Artículo
No

Using a suite of ontologies for preserving workflow-centric research objects

Publicado en: Journal of Web Semantics. 32 16-42 - 2015-05-01 32(), DOI: 10.1016/j.websem.2015.01.003

Autores:

Belhajjame, Khalid; Zhao, Jun; Garijo, Daniel; Gamble, Matthew; Hettne, Kristina; Palma, Raul; Mina, Eleni; Corcho, Oscar; Gomez-Perez, Jose Manuel; Bechhofer, Sean; Klyne, Graham; Goble, Carole
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Afiliaciones

iSOCO, Madrid, Spain - Autor o Coautor
iSOCO, S.A. - Autor o Coautor
Laboratoire d'Analyse et Modelisation de Systemes pour l'Aide a la Decision - Autor o Coautor
Lancaster University - Autor o Coautor
Leiden Univ, Med Ctr, Leiden, Netherlands - Autor o Coautor
Leiden University Medical Center - LUMC - Autor o Coautor
Poznan Supercomp & Networking Ctr, Poznan, Poland - Autor o Coautor
Poznanskie Centrum Superkomputerowo Sieciowe - Autor o Coautor
Univ Lancaster, Sch Comp & Commun, Lancaster LA1 4YW, England - Autor o Coautor
Univ Manchester, Sch Comp Sci, Manchester M13 9PL, Lancs, England - Autor o Coautor
Univ Oxford, Dept Zool, Oxford OX1 2JD, England - Autor o Coautor
Univ Paris 09, PSL, LAMSADE, F-75775 Paris 16, France - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, Ontol Engn Grp, E-28040 Madrid, Spain - Autor o Coautor
Universidad Politécnica de Madrid - Autor o Coautor
University of Manchester - Autor o Coautor
University of Oxford - Autor o Coautor
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Resumen

© 2015 The Authors. Abstract Scientific workflows are a popular mechanism for specifying and automating data-driven in silico experiments. A significant aspect of their value lies in their potential to be reused. Once shared, workflows become useful building blocks that can be combined or modified for developing new experiments. However, previous studies have shown that storing workflow specifications alone is not sufficient to ensure that they can be successfully reused, without being able to understand what the workflows aim to achieve or to re-enact them. To gain an understanding of the workflow, and how it may be used and repurposed for their needs, scientists require access to additional resources such as annotations describing the workflow, datasets used and produced by the workflow, and provenance traces recording workflow executions. In this article, we present a novel approach to the preservation of scientific workflows through the application of research objects - aggregations of data and metadata that enrich the workflow specifications. Our approach is realised as a suite of ontologies that support the creation of workflow-centric research objects. Their design was guided by requirements elicited from previous empirical analyses of workflow decay and repair. The ontologies developed make use of and extend existing well known ontologies, namely the Object Reuse and Exchange (ORE) vocabulary, the Annotation Ontology (AO) and the W3C PROV ontology (PROVO). We illustrate the application of the ontologies for building Workflow Research Objects with a case-study that investigates Huntington's disease, performed in collaboration with a team from the Leiden University Medial Centre (HG-LUMC). Finally we present a number of tools developed for creating and managing workflow-centric research objects.
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Palabras clave

AnnotationDesignGeneLife sciencesOntologiesPreservationProvenanceResearch objectScientific workflowSystem

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Journal of Web Semantics debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2015, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Computer Networks and Communications. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 1.9. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 13 Nov 2025)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 3.91 (fuente consultada: FECYT Mar 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2026-04-24, el siguiente número de citas:

  • WoS: 69
  • Scopus: 106
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-24:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 168.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 167 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 23.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 5 (Altmetric).
  • El número de menciones en Wikipedia: 1 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://oa.upm.es/93026/

Como resultado de la publicación del trabajo en el repositorio institucional, se han obtenido datos estadísticos de uso que reflejan su impacto. En términos de difusión, podemos afirmar que, hasta la fecha

  • Visualizaciones: 27
  • Descargas: 8
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: France; Gran Bretanya; Netherlands; Poland; United Kingdom.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (GARIJO VERDEJO, DANIEL) .

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido GARIJO VERDEJO, DANIEL.

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