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Investigadores/as Institucionales

Rodriguez-Paton, AlfonsoAutor o CoautorPaun, AndreiAutor (correspondencia)

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9 de junio de 2019
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Artículo
Sí

DISCRETE NONDETERMINISTIC MODELING OF THE FAS PATHWAY

Publicado en: INTERNATIONAL JOURNAL OF FOUNDATIONS OF COMPUTER SCIENCE. 19 (5): 1147-1162 - 2008-01-01 19(5), DOI: 10.1142/S0129054108006194

Autores:

Jack, John; Rodriguez-Paton, Alfonso; IBarra, Oscar H.; Paun, Andrei;
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Afiliaciones

Louisiana Tech Univ, IFM, Dept Comp Sci, Ruston, LA 71272 USA - Autor o Coautor
Natl Inst Res & Dev Biol Sci, Bioinformat Dept, Bucharest, Romania - Autor o Coautor
Univ Calif Santa Barbara, Dept Comp Sci, Santa Barbara, CA 93106 USA - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, Fac Informat, E-28660 Madrid, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

Computer modeling of molecular signalling cascades can provide useful insight into the underlying complexities of biological systems. We present a refined approach for the discrete modeling of protein interaction within the environment of a single cell. The technique we offer utilizes the Membrane Systems paradigm which, due to its hierarchical structure, lends itself readily to mimic the behavior of cells. Since our approach terministic ordinary differential equations techniques. We argue that our approach may outperform ordinary differential equations when modeling systems with relatively low numbers of molecules - a frequent occurrence in cellular signaling cascades. Refinements over our previous modeling efforts include the addition of nondeterminism for handling reaction competition over limited reactants, increased efficiency in the storing and storing of reaction waiting times, and modifications of the model reactions. Results of our discrete simulation of the type I and type II Fas-mediated apoptotic signaling cascade are illustrated and compared with two approaches: one based on ordinary differential equations and another based on the well-known Gillespie algorithm.
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Palabras clave

ApoptosisBaxBcl-2DeathDiscrete simulationHiv-1Membrane systemsNondeterministic simulationNondeterministic stimulationOdeProteinSignal transduction pathwaySimulation of pathways

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista INTERNATIONAL JOURNAL OF FOUNDATIONS OF COMPUTER SCIENCE debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2008, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Computer Science (Miscellaneous). Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-24:

  • WoS: 5
  • Scopus: 5
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-24:

  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 3 (PlumX).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://oa.upm.es/2261/

Como resultado de la publicación del trabajo en el repositorio institucional, se han obtenido datos estadísticos de uso que reflejan su impacto. En términos de difusión, podemos afirmar que, hasta la fecha

  • Visualizaciones: 572
  • Descargas: 592
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Oman; United States of America.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Último Autor (PAUN, PAUL ANDREI).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido PAUN, PAUL ANDREI.

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