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Perez-Rey, DavidAutor (correspondencia)Garcia-Remesal, MiguelAutor o CoautorCrespo, JoseAutor o CoautorMaojo, VictorAutor o Coautor

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9 de junio de 2019
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Artículo
Sí

CDAPubMed: a browser extension to retrieve EHR-based biomedical literature

Publicado en: BMC Medical Informatics and Decision Making. 12 (29): 29- - 2012-04-05 12(29), DOI: 10.1186/1472-6947-12-29

Autores:

Perez-Rey, David; Jimenez-Castellanos, Ana; Garcia-Remesal, Miguel; Crespo, Jose; Maojo, Victor
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Afiliaciones

Univ Politecn Madrid, Biomed Informat Grp, Fac Informat, Dept Inteligencia Artificial, E-28660 Madrid, Spain - Autor o Coautor

Resumen

Background: Over the last few decades, the ever-increasing output of scientific publications has led to new challenges to keep up to date with the literature. In the biomedical area, this growth has introduced new requirements for professionals, e. g., physicians, who have to locate the exact papers that they need for their clinical and research work amongst a huge number of publications. Against this backdrop, novel information retrieval methods are even more necessary. While web search engines are widespread in many areas, facilitating access to all kinds of information, additional tools are required to automatically link information retrieved from these engines to specific biomedical applications. In the case of clinical environments, this also means considering aspects such as patient data security and confidentiality or structured contents, e. g., electronic health records (EHRs). In this scenario, we have developed a new tool to facilitate query building to retrieve scientific literature related to EHRs. Results: We have developed CDAPubMed, an open-source web browser extension to integrate EHR features in biomedical literature retrieval approaches. Clinical users can use CDAPubMed to: (i) load patient clinical documents, i. e., EHRs based on the Health Level 7-Clinical Document Architecture Standard (HL7-CDA), (ii) identify relevant terms for scientific literature search in these documents, i. e., Medical Subject Headings (MeSH), automatically driven by the CDAPubMed configuration, which advanced users can optimize to adapt to each specific situation, and (iii) generate and launch literature search queries to a major search engine, i. e., PubMed, to retrieve citations related to the EHR under examination. Conclusions: CDAPubMed is a platform-independent tool designed to facilitate literature searching using keywords contained in specific EHRs. CDAPubMed is visually integrated, as an extension of a widespread web browser, within the standard PubMed interface. It has been tested on a public dataset of HL7-CDA documents, returning significantly fewer citations since queries are focused on characteristics identified within the EHR. For instance, compared with more than 200,000 citations retrieved by breast neoplasm, fewer than ten citations were retrieved when ten patient features were added using CDAPubMed. This is an open source tool that can be freely used for non-profit purposes and integrated with other existing systems.
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Palabras clave

ContextDocumentationElectronic health recordsInformation storage and retrievalInternetMedical subject headingsOntologyPeriodicals as topicPubmedSearchSoftware designSystems integration

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista BMC Medical Informatics and Decision Making debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2012, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Health Informatics. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-25:

  • WoS: 8
  • Scopus: 11
  • Europe PMC: 3
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-25:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 72.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 72 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 11.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 5 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://oa.upm.es/16878/

Como resultado de la publicación del trabajo en el repositorio institucional, se han obtenido datos estadísticos de uso que reflejan su impacto. En términos de difusión, podemos afirmar que, hasta la fecha

  • Visualizaciones: 400
  • Descargas: 248
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (PEREZ DEL REY, DAVID) y Último Autor (MAOJO GARCIA, VICTOR MANUEL).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido PEREZ DEL REY, DAVID.

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Reconocimientos ligados al ítem

The present work has been funded, in part, by the European Commission through the INTEGRATE project (FP7-ICT-2009-6-270253), the EURECA project (FP7-ICT-2010-288048), the DICODE project (FP7-ICT-2009-5-257184), the Spanish Ministry of Health through the RETICS COMBIOMED network (RD07/0067/001) and the Comunidad de Madrid, Spain. The authors would also like to thank Carlos Lopez and Sergio Paraiso for collaborating in the development process, Rachel Elliot for her editorial assistance and Institute Jules Bordet, the Breast International Group, Philips Research and Universidade da Coruna for their participation on the evaluation of CDAPubMed.
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