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Fernandez Pacios, LuisAutor o CoautorAlbareda, MartaAutor o CoautorPalacios, Jose-ManuelAutor (correspondencia)Imperial, JuanAutor o Coautor

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9 de junio de 2019
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Artículo
No

Computational Study of the Fe(CN)(2)CO Cofactor and Its Binding to HypC Protein

Publicado en: JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B. 117 (43): 13523-13533 - 2013-10-31 117(43), DOI: 10.1021/jp407574n

Autores:

Albareda, M; Palacios, JM; Imperial, J; Pacios, LF
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Afiliaciones

Univ Politecn Madrid, CBGP, Madrid 28223, Spain - Autor o Coautor
UPM, CBGP, CSIC, Madrid 28223, Spain - Autor o Coautor
UPM, ETSI Agronomos, Dept Biotecnol, Madrid 28040, Spain - Autor o Coautor
UPM, ETSI Montes, Dept Biotecnol, Madrid 28040, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

In the intricate maturation process of [NiFe]-hydrogenases, the Fe(CN)(2)CO cofactor is first assembled in a HypCD complex with iron coordinated by cysteines from both proteins and CO is added after ligation of cyanides. The small accessory protein HypC is known to play a role in delivering the cofactor needed for assembling the hydrogenase active site. However, the chemical nature of the Fe(CN)(2)CO moiety and the stability of the cofactor-HypC complex are open questions. In this work, we address geometries, properties, and the nature of bonding of all chemical species involved in formation and binding of the cofactor by means of quantum calculations. We also study the influence of environmental effects and binding to cysteines on vibrational frequencies of stretching modes of CO and CN used to detect the presence of Fe(CN)(2)CO. Carbon monoxide is found to be much more sensitive to sulfur binding and the polarity of the medium than cyanides. The stability of the HypC-cofactor complex is analyzed by means of molecular dynamics simulation of cofactor-free and cofactor-bound forms of HypC. The results show that HypC is stable enough to carry the cofactor, but since its binding cysteine is located at the N-terminal unstructured tail, it presents large motions in solution, which suggests the need for a guiding interaction to achieve delivery of the cofactor.
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Palabras clave

Active-siteBacterial proteinsBinding sitesCarbon monoxideChemical-shiftsCrystal-structuresCyanidesEscherichia-coliFerrous compoundsForce-fieldLarge subunitModels, molecularMolecular-dynamicsNife hydrogenaseQuantum theoryRhizobium leguminosarumRhizobium-leguminosarumSwiss-model

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2013, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Surfaces, Coatings and Films. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-25:

  • WoS: 5
  • Scopus: 6
  • Europe PMC: 3
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-25:

  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 23 (PlumX).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://oa.upm.es/26420/

Como resultado de la publicación del trabajo en el repositorio institucional, se han obtenido datos estadísticos de uso que reflejan su impacto. En términos de difusión, podemos afirmar que, hasta la fecha

  • Visualizaciones: 370
  • Descargas: 4
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (ALBAREDA CONTRERAS, MARTA) y Último Autor (Pacios, Luis F.).

los autores responsables de establecer las labores de correspondencia han sido PALACIOS ALBERTI, JOSE MANUEL y Pacios, Luis F..

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Reconocimientos ligados al ítem

We deeply thank Prof. Jorge Seminario and Dr. Dahiyana Cristancho (Texas A&M University) for their help in kindly providing us the force constants set for Fe(CN)2CO cofactor obtained with an unreleased new version of their program FUERZA. We also thank Madrid Supercomputing and Visualization Center (CeSViMa) for providing supercomputer resources (Magerit cluster), technical expertise, and assistance under projects G52225 and G52234. The authors acknowledge financial support as follows: M.A. from Microambiente-CM project, J.-M.P. from the Spanish Ministry of Science, project BIO2010-15301, J.I. from Fundacion Ramon Areces, XV Concurso Nacional de Ayuda para la Investigacion en Ciencias de la Vida y de la Materia, and L.F.P. from the Spanish Ministry of Science, project BIO2009-07050.
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