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Garijo D.Autor o Coautor

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9 de junio de 2019
Publicaciones
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Artículo

Quantifying Reproducibility in Computational Biology: The Case of the Tuberculosis Drugome

Publicado en: PLoS One. 8 (11): e80278- - 2013-11-27 8(11), DOI: 10.1371/journal.pone.0080278

Autores:

Garijo, Daniel; Kinnings, Sarah; Xie, Li; Xie, Lei; Zhang, Yinliang; Bourne, Philip E; Gil, Yolanda
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Afiliaciones

CUNY Hunter Coll, Dept Comp Sci, New York, NY 10021 USA - Autor o Coautor
Univ Calif San Diego, Dept Chem & Biochem, La Jolla, CA 92093 USA - Autor o Coautor
Univ Calif San Diego, Skaggs Sch Pharm & Pharmaceut Sci, La Jolla, CA 92093 USA - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, Fac Informat, Ontol Engn Grp, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Sci & Technol China, Sch Life Sci, Hefei, Anhui, Peoples R China - Autor o Coautor
Univ So Calif, Dept Comp Sci, Los Angeles, CA 90089 USA - Autor o Coautor
Univ So Calif, Inst Informat Sci, Los Angeles, CA USA - Autor o Coautor
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Resumen

How easy is it to reproduce the results found in a typical computational biology paper? Either through experience or intuition the reader will already know that the answer is with difficulty or not at all. In this paper we attempt to quantify this difficulty by reproducing a previously published paper for different classes of users (ranging from users with little expertise to domain experts) and suggest ways in which the situation might be improved. Quantification is achieved by estimating the time required to reproduce each of the steps in the method described in the original paper and make them part of an explicit workflow that reproduces the original results. Reproducing the method took several months of effort, and required using new versions and new software that posed challenges to reconstructing and validating the results. The quantification leads to reproducibility maps that reveal that novice researchers would only be able to reproduce a few of the steps in the method, and that only expert researchers with advance knowledge of the domain would be able to reproduce the method in its entirety. The workflow itself is published as an online resource together with supporting software and data. The paper concludes with a brief discussion of the complexities of requiring reproducibility in terms of cost versus benefit, and a desiderata with our observations and guidelines for improving reproducibility. This has implications not only in reproducing the work of others from published papers, but reproducing work from one's own laboratory.
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Palabras clave

Computational biologyHumansInternetRepeatabilityReproducibility of resultsSoftware

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista PLoS One debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2013, se encontraba en la posición 8/55, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Multidisciplinary Sciences.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 1.35. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 13 Nov 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2026-04-24, el siguiente número de citas:

  • WoS: 65
  • Scopus: 75
  • Europe PMC: 48
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-24:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 192.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 192 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 109.
  • El número de menciones en la red social Facebook: 1 (Altmetric).
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 110 (Altmetric).
  • El número de menciones en medios de comunicación: 3 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://oa.upm.es/21853/

Como resultado de la publicación del trabajo en el repositorio institucional, se han obtenido datos estadísticos de uso que reflejan su impacto. En términos de difusión, podemos afirmar que, hasta la fecha

  • Visualizaciones: 371
  • Descargas: 595
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: China; United States of America.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (GARIJO VERDEJO, DANIEL) .

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Reconocimientos ligados al ítem

This research is sponsored by Elsevier Labs, the National Science Foundation with award number IIS-0948429, the Air Force Office of Scientific Research with award number FA9550-11-1-0104, internal funds from the University of Southern California's Information Sciences Institute and from the University of California, San Diego, and by a Formacion de Profesorado Universitario grant from the Spanish Ministry of Science and Innovation. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.
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