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Albareda, MartaAutor (correspondencia)Brito, BelenAutor o CoautorRuiz-Argueso, TomasAutor o CoautorImperial, JuanAutor o CoautorPalacios, JoseAutor o Coautor

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9 de junio de 2019
Publicaciones
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Artículo

Rhizobium leguminosarum HupE is a highly-specific diffusion facilitator for nickel uptake

Publicado en: Metallomics. 7 (4): 691-701 - 2015-04-01 7(4), DOI: 10.1039/c4mt00298a

Autores:

Albareda, M; Rodrigue, A; Brito, B; Ruiz-Argüso, T; Imperial, J; Mandrand-Berthelot, MA; Palacios, J
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Afiliaciones

Univ Lyon 1, UMR CNRS INSA Lyon 5240, Microbiol Adaptat & Pathogenie, F-69622 Villeurbanne, France - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, CBGP, Madrid 28223, Spain - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, CSIC, Madrid 28223, Spain - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, Escuela Tecn Super Ingn Agron, Dept Biotecnol, Madrid 28223, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

Bacteria require nickel transporters for the synthesis of Ni-containing metalloenzymes in natural, low nickel habitats. In this work we carry out functional and topological characterization of Rhizobium leguminosarum HupE, a nickel permease required for the provision of this element for [NiFe] hydrogenase synthesis. Expression studies in the Escherichia coli nikABCDE mutant strain HYD723 revealed that HupE is a medium-affinity permease (apparent K-m 227 +/- 21 nM; V-max 49 +/- 21 pmol Ni2+ min(-1) mg(-1) bacterial dry weight) that functions as an energy-independent diffusion facilitator for the uptake of Ni(II) ions. This Ni2+ transport is not inhibited by similar cations such as Mn2+, Zn2+, or Co2+, but is blocked by Cu2+. Analysis of site-directed HupE mutants allowed the identification of several residues (H36, D42, H43, F69, E90, H130, and E133) that are essential for HupE-mediated Ni uptake in E. coli cells. By using translational fusions to reporter genes we demonstrated the presence of five transmembrane domains with a periplasmic N-terminal domain and a C-terminal domain buried in the lipid bilayer. The periplasmic N-terminal domain contributes to stability and functionality of the protein.
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Palabras clave

Alcaligenes-eutrophusAmino acid sequenceBacterial proteinsBacteriophage-t7 rna-polymeraseDependent transportEscherichia coliEscherichia-coliGenes, reporterHelicobacter-pyloriHigh-affinity transportHigh-level expressionHydrogenaseHydrogenase activityLigandsLipid bilayersMembrane proteinsMolecular sequence dataMutagenesis, site-directedMutationNickelNickel/cobalt permeasesPea nodulesProtein structure, tertiaryRhizobium leguminosarum

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Metallomics debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2015, se encontraba en la posición 96/289, consiguiendo con ello situarse como revista Q2 (Segundo Cuartil), en la categoría Biochemistry & Molecular Biology.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-25:

  • WoS: 12
  • Scopus: 14
  • Europe PMC: 3
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-25:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 22.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 22 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 2.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 3 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://oa.upm.es/40478/

Como resultado de la publicación del trabajo en el repositorio institucional, se han obtenido datos estadísticos de uso que reflejan su impacto. En términos de difusión, podemos afirmar que, hasta la fecha

  • Visualizaciones: 309
  • Descargas: 273
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: France; United Kingdom.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (ALBAREDA CONTRERAS, MARTA) y Último Autor (PALACIOS ALBERTI, JOSE MANUEL).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido ALBAREDA CONTRERAS, MARTA.

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Reconocimientos ligados al ítem

We thank J. Cayron for technical assistance with gel analysis of HupE mutants, and Anabel Bautista for reporter enzyme activity determination. This work was supported by grants from Spain's Ministery of Science and Innovation (BIO2010-15301 and BIO2013-43040 to J.P.), from Fundacion Ramon Areces (to J. I.) and by a PICS grant (SYMBIONI no 5992) from the Centre National de la Recherche Scientifique (to A.R.).
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