{rfName}
En

Licencia y uso

Icono OpenAccess

Altmetrics

Investigadores/as Institucionales

Wilkinson, Mark D.Autor o Coautor

Compartir

9 de junio de 2019
Publicaciones
>
Artículo

Enhanced reproducibility of SADI web service workflows with Galaxy and Docker

Publicado en: GigaScience. 4 (59): 59- - 2015-12-03 4(59), DOI: 10.1186/s13742-015-0092-3

Autores:

Aranguren, ME; Wilkinson, MD
[+]

Afiliaciones

Eurohelp Consulting - Autor o Coautor
Tech Univ Madrid UPM, Ctr Plant Biotechnol & Genom CBGP, Biol Informat - Autor o Coautor

Resumen

Background: Semantic Web technologies have been widely applied in the life sciences, for example by data providers such as OpenLifeData and through web services frameworks such as SADI. The recently reported OpenLifeData2SADI project offers access to the vast OpenLifeData data store through SADI services. Findings: This article describes how to merge data retrieved from OpenLifeData2SADI with other SADI services using the Galaxy bioinformatics analysis platform, thus making this semantic data more amenable to complex analyses. This is demonstrated using a working example, which is made distributable and reproducible through a Docker image that includes SADI tools, along with the data and workflows that constitute the demonstration. Conclusions: The combination of Galaxy and Docker offers a solution for faithfully reproducing and sharing complex data retrieval and analysis workflows based on the SADI Semantic web service design patterns.
[+]

Palabras clave

dockergalaxyrdfreproducibilitysadisemantic webweb serviceComputational biologyDesignDockerGalaxyImplementationInformation disseminationInformation storage and retrievalLife sciencesRdfReproducibilityReproducibility of resultsSadiSemantic webSoftwareWeb serviceWorkflow

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista GigaScience debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2015, se encontraba en la posición 6/62, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Multidisciplinary Sciences.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-24:

  • WoS: 9
  • Scopus: 7
  • Europe PMC: 6
[+]

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-24:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 40.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 40 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 17.
  • El número de menciones en la red social Facebook: 1 (Altmetric).
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 8 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://oa.upm.es/40479/

Como resultado de la publicación del trabajo en el repositorio institucional, se han obtenido datos estadísticos de uso que reflejan su impacto. En términos de difusión, podemos afirmar que, hasta la fecha

  • Visualizaciones: 341
  • Descargas: 227
[+]

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Último Autor (WILKINSON, MARK DENIS).

[+]

Reconocimientos ligados al ítem

MEA is funded by the Genomic Resources Group (UPV/EHU). MDW is supported by the Fundacion BBVA, and the Isaac Peral and Marie Curie COFUND Programmes of the Universidad Politecnica de Madrid, Centre for Plant Biotechnology and Genomics UPM-INIA. Jorge Langa, from the Genomic Resources Group (UPV/EHU), provided technical help with the Docker installation and with management of images and containers. John M. Chilton, from the Minnesota Supercomputing Institute at the University of Minnesota, provided help with the setting up of Galaxy server to run the SADI-Docker image.
[+]