{rfName}
eg

Altmetrics

Investigadores/as Institucionales

Huerta-Cepas, JaimeAutor o CoautorHernandez-Plaza, AnaAutor o Coautor

Compartir

9 de junio de 2019
Publicaciones
>
Artículo
No

eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated orthology resource based on 5090 organisms and 2502 viruses

Publicado en: Nucleic Acids Research. 47 (D1): D309-D314 - 2019-01-08 47(D1), DOI: 10.1093/nar/gky1085

Autores:

Huerta-Cepas, Jaime; Szklarczyk, Damian; Heller, Davide; Hernandez-Plaza, Ana; Forslund, Sofia K.; Cook, Helen; Mende, Daniel R.; Letunic, Ivica; Rattei, Thomas; Jensen, Lars J.; von Mering, Christian; Bork, Peer;
[+]

Afiliaciones

UPM, Ctr Biotecnol & Genom Plantas, Inst Nacl Invest & Tecnol Agr & Alimentaria INIA, Madrid, Spain. - Autor o Coautor

Resumen

eggNOG is a public database of orthology relationships, gene evolutionary histories and functional annotations. Here, we present version 5.0, featuring a major update of the underlying genome sets, which have been expanded to 4445 representative bacteria and 168 archaea derived from 25 038 genomes, as well as 477 eukaryotic organisms and 2502 viral proteomes that were selected for diversity and filtered by genome quality. In total, 4.4M orthologous groups (OGs) distributed across 379 taxonomic levels were computed together with their associated sequence alignments, phylogenies, HMM models and functional descriptors. Precomputed evolutionary analysis provides fine-grained resolution of duplication/speciation events within each OG. Our benchmarks show that, despite doubling the amount of genomes, the quality of orthology assignments and functional annotations (80% coverage) has persisted without significant changes across this update. Finally, we improved eggNOG online services for fast functional annotation and orthology prediction of custom genomics or metagenomics datasets. All precomputed data are publicly available for downloading or via API queries at http://eggnog.embl.de
[+]

Palabras clave

AccurateAnimalsClassificationConserved sequenceDatabaseDatabases, geneticEukaryotaEvolution, molecularEvolutionaryGene duplicationGene ontologyGenes, viralGenomeHumansMolecular sequence annotationPathwaysPhylogenyProteinProteomeReconstructionSequence alignmentSequence homologyStructure-activity relationshipTreeUpdate

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Nucleic Acids Research debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2019, se encontraba en la posición 15/297, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Biochemistry & Molecular Biology. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Esta publicación ha sido distinguida como “Highly Cited Paper” según las agencias WoS (ESI, Clarivate) y ESI (Clarivate), lo que significa que se sitúa dentro del 1% superior de los artículos más citados en su campo temático durante el año de su publicación. En términos del impacto observado de la aportación, este trabajo es considerado como uno de los más influyentes a nivel mundial, al ser considerado como altamente citado. (fuente consultada: ESI 13 Nov 2025)

Y así lo demuestran los altísimos impactos normalizados a través de algunos de los principales indicadores de este tipo, y que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, ya apuntan a estar muy por encima de la media en diferentes agencias:

  • Normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada (ESI) de la agencia Clarivate: 75.42 (fuente consultada: ESI 13 Nov 2025)
  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 106.5 (fuente consultada: FECYT Mar 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-12-21, el siguiente número de citas:

  • WoS: 2295
  • Scopus: 2918
[+]

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-12-21:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 2020.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 2008 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 74.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 58 (Altmetric).
  • El número de menciones en Wikipedia: 1 (Altmetric).
  • El número de menciones en medios de comunicación: 2 (Altmetric).
[+]

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Austria; Denmark; Germany; Switzerland; United States of America.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (HUERTA CEPAS, JAIME) .

[+]

Reconocimientos ligados al ítem

European Union's Horizon 2020 research and innovation programme [686070]; Ramon y Cajal Programme [RYC2016-20621]; Consejeria de Educacion, Juventud y Deporte de la Comunidad de Madrid and Fondo Social Europeo [PEJ-2017-AI/TIC-7514]; FP7 METACARDIS [HEALTH-F4-2012-305312]; Novo Nordisk Foundation (Copenhagen) [NNF14CC0001]; European Molecular Biology Laboratory; Cloud computing was supported by BMBF [de. NBI network #031A537B]; Swiss National Science Foundation [31003A-160095]. Funding for open access charge: European Molecular Biology Laboratory.
[+]