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Gordillo, N.Autor o Coautor

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27 de noviembre de 2019
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Artículo
Sí

Beyond filtered backprojection: A reconstruction software package for ion beam microtomography data

Publicado en: NUCLEAR INSTRUMENTS & METHODS IN PHYSICS RESEARCH SECTION B-BEAM INTERACTIONS WITH MATERIALS AND ATOMS. 295 42-49 - 2013-01-07 295(), DOI: 10.1016/j.nimb.2012.10.006

Autores:

Habchi, C.; Gordillo, N.; Bourret, S.; Barberet, Ph.; Jovet, C.; Moretto, Ph.; Seznec, H.;
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Afiliaciones

CNRS, IN2P3, CENBG, UMR 5797, F-33170 Gradignan, France - Autor o Coautor
Univ Bordeaux, CENBG, UMR 5797, F-33170 Gradignan, France - Autor o Coautor

Resumen

A new version of the TomoRebuild data reduction software package is presented, for the reconstruction of scanning transmission ion microscopy tomography (STIMT) and particle induced X-ray emission tomography (PIXET) images. First, we present a state of the art of the reconstruction codes available for ion beam microtomography. The algorithm proposed here brings several advantages. It is a portable, multi-platform code, designed in C++ with well-separated classes for easier use and evolution. Data reduction is separated in different steps and the intermediate results may be checked if necessary. Although no additional graphic library or numerical tool is required to run the program as a command line, a user friendly interface was designed in Java, as an ImageJ plugin. All experimental and reconstruction parameters may be entered either through this plugin or directly in text format files. A simple standard format is proposed for the input of experimental data. Optional graphic applications using the ROOT interface may be used separately to display and fit energy spectra. Regarding the reconstruction process, the filtered backprojection (FBP) algorithm, already present in the previous version of the code, was optimized so that it is about 10 times as fast. In addition, Maximum Likelihood Expectation Maximization (MLEM) and its accelerated version Ordered Subsets Expectation Maximization (OSEM) algorithms were implemented. A detailed user guide in English is available. A reconstruction example of experimental data from a biological sample is given. It shows the capability of the code to reduce noise in the sinograms and to deal with incomplete data, which puts a new perspective on tomography using low number of projections or limited angle. (C) 2012 Elsevier B.V. All rights reserved.
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Palabras clave

3d imagingAlgorithmFiltered backprojectionImagejIon beam tomographyMicroscopy tomographyMlemOsem

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista NUCLEAR INSTRUMENTS & METHODS IN PHYSICS RESEARCH SECTION B-BEAM INTERACTIONS WITH MATERIALS AND ATOMS debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2013, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Instrumentation.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-25:

  • WoS: 9
  • Scopus: 11
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-25:

  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 19 (PlumX).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://oa.upm.es/25704/

Como resultado de la publicación del trabajo en el repositorio institucional, se han obtenido datos estadísticos de uso que reflejan su impacto. En términos de difusión, podemos afirmar que, hasta la fecha

  • Visualizaciones: 372
  • Descargas: 551
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: France.

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Reconocimientos ligados al ítem

This work has been partly supported by the European Community as an Integrating Activity Support of Public and Industrial Research Using Ion Beam Technology (SPIRIT) under EC contract no. 227012. C elegans experiments have been carried out in the frame of the ANR Program: Contaminants, Ecosystemes, Sante 2010, in the TITANIUMS project.
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