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Grant support

This work was supported by grants RTI2018-097749-B-100, BIO2015-68031-R and RYC-2013-14689 to P.C., and BES-2016-078939 fellowship to L.P.V. from the Spanish Ministerio de Economia y Competitividad (MINECO/FEDER, EU); and by the Severo Ochoa Program for Centres of Excellence in R&D from the Agencia Estatal de Investigacion of Spain, grant SEV-2016-0672 (2017-2021) to the CBGP. M.P.M. was supported by a Postdoctoral contract associated with the Severo Ochoa Program.

Análisis de autorías institucional

Paya-Milans, MiriamAutor o CoautorPoza-Viejo, LauraAutor o CoautorWilkinson, Mark D.Autor (correspondencia)Crevillen, PedroAutor (correspondencia)

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Artículo

Genome-wide analysis of the H3K27me3 epigenome and transcriptome in Brassica rapa

Publicado en:Gigascience. 8 (12): giz147- - 2019-12-06 8(12), DOI: 10.1093/gigascience/giz147

Autores: Paya-Milans, Miriam; Poza-Viejo, Laura; San Martin-Uriz, Patxi; Lara-Astiaso, David; Wilkinson, Mark D.; Crevillen, Pedro;

Afiliaciones

Univ Navarra, CIMA, Ave Pio XII 55, Pamplona 31008, Spain - Autor o Coautor
UPM, Inst Nacl Invest & Tecnol Agr & Alimentari INIA, CBGP, Campus Montegancedo, Pozuelo De Alarcon 28223, Madrid, Spain - Autor o Coautor

Resumen

Background: Genome-wide maps of histone modifications have been obtained for several plant species. However, most studies focus on model systems and do not enforce FAIR data management principles. Here we study the H3K27me3 epigenome and associated transcriptome of Brassica rapa, an important vegetable cultivated worldwide. Findings: We performed H3K27me3 chromatin immunoprecipitation followed by high-throughput sequencing and transcriptomic analysis by 3-end RNA sequencing from B. rapa leaves and inflorescences. To analyze these data we developed a Reproducible Epigenomic Analysis pipeline using Galaxy and Jupyter, packaged into Docker images to facilitate transparency and reuse. We found that H3K27me3 covers roughly one-third of all B. rapa protein-coding genes and its presence correlates with low transcript levels. The comparative analysis between leaves and inflorescences suggested that the expression of various floral regulatory genes during development depends on H3K27me3. To demonstrate the importance of H3K27me3 for B. rapa development, we characterized a mutant line deficient in the H3K27 methyltransferase activity. We found that braA.clf mutant plants presented pleiotropic alterations, e.g., curly leaves due to increased expression and reduced H3K27me3 levels at AGAMOUS-like loci. Conclusions: We characterized the epigenetic mark H3K27me3 at genome-wide levels and provide genetic evidence for its relevance in B. rapa development. Our work reveals the epigenomic landscape of H3K27me3 in B. rapa and provides novel genomics datasets and bioinformatics analytical resources. We anticipate that this work will lead the way to further epigenomic studies in the complex genome of Brassica crops.

Palabras clave

Brassica rapaChromatin immunoprecipitationEpigenomicsExpressionFlowersGene expression profilingGene expression regulation, plantHigh-throughput nucleotide sequencingHistone h3HistonesPlant leavesPlant proteinsPolycomb-group genesRead alignmentSelectionSequence analysis, dnaSequence analysis, rnaTrimethylation

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Gigascience debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2019, se encontraba en la posición 10/71, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Multidisciplinary Sciences.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions, arroja un valor de: 2.46, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: Dimensions Jun 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-06-13, el siguiente número de citas:

  • WoS: 10
  • Scopus: 16
  • Europe PMC: 7
  • OpenCitations: 17

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-06-13:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 54.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 54 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 17.05.
  • El número de menciones en la red social Facebook: 2 (Altmetric).
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 27 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (PAYA MILANS, MIRIAM) y Último Autor (Crevillen Lomas, Pedro).

los autores responsables de establecer las labores de correspondencia han sido WILKINSON, MARK DENIS y Crevillen Lomas, Pedro.