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Impacto en los Objetivos de Desarrollo Sostenible (ODS)

Investigadores/as Institucionales

González-García MpAutor (correspondencia)Bustillo-Avendaño EAutor o CoautorSanchez-Corrionero AAutor o CoautorDel Pozo JcAutor o CoautorMoreno-Risueno MaAutor o Coautor

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29 de abril de 2020
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Artículo
Sí

Fluorescence-activated cell sorting using the D-root device and optimization for scarce and/or non-accessible root cell populations

Publicado en: Plants-Basel. 9 (4): E499- - 2020-04-01 9(4), DOI: 10.3390/plants9040499

Autores:

Gonzalez-Garcia, Mary-Paz; Bustillo-Avendano, Estefano; Sanchez-Corrionero, Alvaro; del Pozo, Juan C; Moreno-Risueno, Miguel A
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Afiliaciones

Centre for Plant Biotechnology and Genomics UPM - INIA - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, Ctr Biotecnol & Genom Plantas, Inst Nacl Invest & Tecnol Agr & Alimentaria, Campus Montegancedo, Madrid 28223, Spain - Autor o Coautor

Resumen

© 2020 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland. Fluorescence-activated cell sorting (FACS) is a technique used to isolate specific cell populations based on characteristics detected by flow cytometry. FACS has been broadly used in transcriptomic analyses of individual cell types during development or under different environmental conditions. Different protoplast extraction protocols are available for plant roots; however, they were designed for accessible cell populations, which normally were grown in the presence of light, a non-natural and stressful environment for roots. Here, we report a protocol using FACS to isolate root protoplasts from Arabidopsis green fluorescent protein (GFP)-marked lines using the minimum number of enzymes necessary for an optimal yield, and with the root system grown in darkness in the D-Root device. This device mimics natural conditions as the shoot grows in the presence of light while the roots grow in darkness. In addition, we optimized this protocol for specific patterns of scarce cell types inside more differentiated tissues using the mCherry fluorescent protein. We provide detailed experimental protocols for effective protoplasting, subsequent purification through FACS, and RNA extraction. Using this RNA, we generated cDNA and sequencing libraries, proving that our methods can be used for genome-wide transcriptomic analyses of any cell-type from roots grown in darkness.
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Palabras clave

cell-typed-rootfacsfounder cellslateral rootsArabidopsisAuxinCell-typeCytokininD-rootDifferentiationExpressionFacsFlow-cytometryFounder cellsInitiationIntegrationLateral rootsLife on landLightProtoplastsRoot protoplasts

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Plants-Basel debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2020, se encontraba en la posición 47/235, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Plant Sciences.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-27:

  • Google Scholar: 8
  • WoS: 6
  • Scopus: 9
  • Europe PMC: 7
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-27:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 29.

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 5.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 6 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://oa.upm.es/93922/

Como resultado de la publicación del trabajo en el repositorio institucional, se han obtenido datos estadísticos de uso que reflejan su impacto. En términos de difusión, podemos afirmar que, hasta la fecha

  • Visualizaciones: 34
  • Descargas: 10
Siguiendo con el impacto social del trabajo, es importante enfatizar el hecho de que, por su contenido, puede ser asignado a la línea de interés del ODS 15 - Life on land, con una probabilidad del 65% según el algoritmo mBERT desarrollado por Aurora University.
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (GONZALEZ GARCIA, MARIA DE LA PAZ) y Último Autor (MORENO RISUEÑO, MIGUEL ANGEL).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido GONZALEZ GARCIA, MARIA DE LA PAZ.

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Objetivos del proyecto

Los objetivos perseguidos en esta aportación son analizar la aplicación de la técnica de clasificación celular por citometría de flujo (FACS) para aislar protoplastos de raíces de Arabidopsis cultivadas en condiciones naturales simuladas por el dispositivo D-Root; optimizar el protocolo de extracción de protoplastos utilizando el mínimo número de enzimas para maximizar el rendimiento; adaptar el método para la identificación y aislamiento de poblaciones celulares escasas o inaccesibles mediante marcadores fluorescentes como GFP y mCherry; caracterizar detalladamente los procedimientos experimentales para la purificación celular y extracción de ARN; y validar la utilidad del protocolo para generar bibliotecas de secuenciación y análisis transcriptómicos a nivel genómico de tipos celulares específicos en raíces cultivadas en oscuridad.
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Resultados más relevantes

Este estudio presenta un protocolo optimizado para la clasificación celular por citometría de flujo (FACS) aplicado a raíces de Arabidopsis cultivadas en condiciones que simulan la oscuridad natural mediante el dispositivo D-Root. Los resultados más relevantes incluyen: 1) el uso del mínimo número de enzimas para obtener un rendimiento óptimo de protoplastos; 2) la adaptación del método para aislar poblaciones celulares escasas y específicas marcadas con proteína fluorescente mCherry; 3) la demostración de la viabilidad del protocolo para la extracción de ARN y generación de bibliotecas de secuenciación; y 4) la confirmación de que estas técnicas permiten análisis transcriptómicos a nivel genómico de células radiculares cultivadas en oscuridad, evitando el estrés inducido por la luz.
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