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Wilkinson, Mark DenisAutor o CoautorRodríguez-González AAutor (correspondencia)Costumero RAutor o CoautorMartinez-Romero M.Autor o Coautor

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25 de julio de 2020
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Artículo
No

Extracting diagnostic knowledge from medline plus: A comparison between metamap and cTAKES approaches

Publicado en: Current Bioinformatics. 13 (6): 573-582 - 2018-01-01 13(6), DOI: 10.2174/1574893612666170727094502

Autores:

Rodríguez-González, A; Costumero, R; Martinez-Romero, M; Wilkinson, MD; Menasalvas-Ruiz, E
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Afiliaciones

Ctr Biotecnol & Genom Plantas UPM INIA - Autor o Coautor
Escuela Tecnica Superior de Ingenieros Informaticos, Universidad Politecnica de Madrid - Autor o Coautor
Instituto Nacional de Investigacion y Tecnologia Agraria y Alimentaria - Autor o Coautor
Stanford Univ, Stanford Ctr Biomed Informat Res - Autor o Coautor
Stanford University School of Medicine - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, Ctr Tecnol Biomed - Autor o Coautor
Universidad Politécnica de Madrid - Autor o Coautor
Ver más

Resumen

© 2018 Bentham Science Publishers. Background: The development of diagnostic decision support systems (DDSS) requires having a reliable and consistent knowledge based on diseases and their symptoms, signs, and diagnostic tests. Physicians are typically the source of this knowledge but it is not always possible to obtain all the desired information from them. Other valuable sources are medical books and articles describing the diagnosis of diseases, but again, extracting this information is a hard and time-consuming task. Objective: In this paper we present the results of our research to compare two well-known tools that are used to perform NLP in medical domain. In this context we have used these tools to perform the operation of Name Entity Recognition to extract diagnostic terms from texts contained in MedLine Plus articles. Method: We have used Web scraping, natural language processing (NLP) techniques, a variety of publicly available sources of diagnostic knowledge and two widely known medical concept identifiers, MetaMap and cTAKES, to extract diagnostic criteria for infectious diseases from MedLine Plus articles. Results: A performance comparison of MetaMap and cTAKES is presented being visible that although the differences between both systems are not really significant there are some palpable differences in the results provided by the system. Conclusion: The extraction of diagnostic terms is a very important task for the creation of databases with this information. The use of NLP systems capable of extraction, those terms from texts are very valuable tools that need to be implemented and evaluated in order to obtain the maximum accuracy on this process.
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Palabras clave

ArchitectureCdssCtakesDdssDiagnostic knowledgeInformation extractionMetamapNlpSystem

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Current Bioinformatics, y aunque la revista se encuentra clasificada en el cuartil Q4 (Agencia WoS (JCR)), su enfoque regional y su especialización en Mathematical & Computational Biology, le otorgan un reconocimiento lo suficientemente significativo en un nicho concreto del conocimiento científico a nivel internacional.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-24:

  • Google Scholar: 21
  • WoS: 5
  • Scopus: 6
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-24:

  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 22 (PlumX).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://oa.upm.es/44984/

Como resultado de la publicación del trabajo en el repositorio institucional, se han obtenido datos estadísticos de uso que reflejan su impacto. En términos de difusión, podemos afirmar que, hasta la fecha

  • Visualizaciones: 611
  • Descargas: 769
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: United States of America.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (RODRIGUEZ GONZALEZ, ALEJANDRO) y Último Autor (Menasalvas-Ruiz E).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido RODRIGUEZ GONZALEZ, ALEJANDRO.

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