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Investigadores/as Institucionales

Isidro Y Sánchez JAutor (correspondencia)

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10 de agosto de 2020
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Artículo
Sí

Combining Partially Overlapping Multi-Omics Data in Databases Using Relationship Matrices

Publicado en: Frontiers in Plant Science. 11 (947): 947- - 2020-07-14 11(947), DOI: 10.3389/fpls.2020.00947

Autores:

Akdemir, D; Knox, R; Sánchez, JIY
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Afiliaciones

Instituto Nacional de Investigacion y Tecnologia Agraria y Alimentaria - Autor o Coautor
SCRDC-CRDSW - Autor o Coautor
Swift Current Res & Dev Ctr, SCRDC CRDSW, Swift Current, SK, Canada - Autor o Coautor
Univ Coll Dublin, Agr & Food Sci Ctr, Anim & Crop Sci Div, Dublin, Ireland - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid UPM, Inst Nacl Invest & Tecnol Agr & Alimentaria INIA, UPM INIA, Ctr Biotecnol & Genom Plantas CBGP, Campus Montegancedo UPM, Madrid, Spain - Autor o Coautor
University College Dublin - Autor o Coautor
Ver más

Resumen

© Copyright © 2020 Akdemir, Knox and Isidro y Sánchez. Private and public breeding programs, as well as companies and universities, have developed different genomics technologies that have resulted in the generation of unprecedented amounts of sequence data, which bring new challenges in terms of data management, query, and analysis. The magnitude and complexity of these datasets bring new challenges but also an opportunity to use the data available as a whole. Detailed phenotype data, combined with increasing amounts of genomic data, have an enormous potential to accelerate the identification of key traits to improve our understanding of quantitative genetics. Data harmonization enables cross-national and international comparative research, facilitating the extraction of new scientific knowledge. In this paper, we address the complex issue of combining high dimensional and unbalanced omics data. More specifically, we propose a covariance-based method for combining partial datasets in the genotype to phenotype spectrum. This method can be used to combine partially overlapping relationship/covariance matrices. Here, we show with applications that our approach might be advantageous to feature imputation based approaches; we demonstrate how this method can be used in genomic prediction using heterogeneous marker data and also how to combine the data from multiple phenotypic experiments to make inferences about previously unobserved trait relationships. Our results demonstrate that it is possible to harmonize datasets to improve available information across gene-banks, data repositories, or other data resources.
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Palabras clave

AccuracyAssociationCovariance estimationExpectation-maximizationGenomic selectionGenotype imputationHaplotype-phase inferenceInteroperabilityMixed modelsMulti-omicsMultiple kernel learningPedigreePhenomicsPlantPredictionRegression

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Frontiers in Plant Science debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2020, se encontraba en la posición 17/235, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Plant Sciences. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-25:

  • WoS: 10
  • Scopus: 10
  • Europe PMC: 3
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-25:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 29.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 29 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 14.
  • El número de menciones en la red social Facebook: 1 (Altmetric).
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 16 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://oa.upm.es/86505/

Como resultado de la publicación del trabajo en el repositorio institucional, se han obtenido datos estadísticos de uso que reflejan su impacto. En términos de difusión, podemos afirmar que, hasta la fecha

  • Visualizaciones: 170
  • Descargas: 53
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Canada; Eire; United Kingdom.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Último Autor (ISIDRO SANCHEZ, JULIO).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido ISIDRO SANCHEZ, JULIO.

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