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Análisis de autorías institucional

López De Heredia UAutor o CoautorMora-Márquez FAutor o CoautorSoto àAutor (correspondencia)

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Artículo

ddRAD Sequencing-Based Identification of Genomic Boundaries and Permeability in Quercus ilex and Q. suber Hybrids

Publicado en:Frontiers In Plant Science. 11 (564414): 564414- - 2020-09-04 11(564414), DOI: 10.3389/fpls.2020.564414

Autores: Lopez de Heredia, Unai; Mora-Marquez, Fernando; Goicoechea, Pablo G; Guillardin-Calvo, Laura; Simeone, Marco C; Soto, Alvaro

Afiliaciones

Escuela Tecnica Superior de Ingenieros de Montes, Universidad Politecnica de Madrid - Autor o Coautor
Neiker, The Basque Institute for Agricultural Research and Development - Autor o Coautor
NEIKERBRA, Dept Forestry, Vitoria, Spain - Autor o Coautor
Univ Oxford, Dept Plant Sci, Oxford, England - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, ETSI Montes Forestal & Medio Nat, Dept Sistemas & Recursos Nat, GI Genet Fisiol & Hist Forestal, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Tuscia, Dipartimento Sci Agr & Forestali DAFNE, Viterbo, Italy - Autor o Coautor
Universita degli Studi della Tuscia Viterbo - Autor o Coautor
University of Oxford - Autor o Coautor
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Resumen

© Copyright © 2020 López de Heredia, Mora-Márquez, Goicoechea, Guillardín-Calvo, Simeone and Soto. Hybridization and its relevance is a hot topic in ecology and evolutionary biology. Interspecific gene flow may play a key role in species adaptation to environmental change, as well as in the survival of endangered populations. Despite the fact that hybridization is quite common in plants, many hybridizing species, such as Quercus spp., maintain their integrity, while precise determination of genomic boundaries between species remains elusive. Novel high throughput sequencing techniques have opened up new perspectives in the comparative analysis of genomes and in the study of historical and current interspecific gene flow. In this work, we applied ddRADseq technique and developed an ad hoc bioinformatics pipeline for the study of ongoing hybridization between two relevant Mediterranean oaks, Q. ilex and Q. suber. We adopted a local scale approach, analyzing adult hybrids (sensu lato) identified in a mixed stand and their open-pollinated progenies. We have identified up to 9,435 markers across the genome and have estimated individual introgression levels in adults and seedlings. Estimated contribution of Q. suber to the genome is higher, on average, in hybrid progenies than in hybrid adults, suggesting preferential backcrossing with this parental species, maybe followed by selection during juvenile stages against individuals with higher Q. suber genomic contribution. Most discriminating markers seem to be scattered throughout the genome, suggesting that a large number of small genomic regions underlie boundaries between these species. A noticeable proportion of the markers (26%) showed allelic frequencies in adult hybrids very similar to one of the parental species, and very different from the other; a finding that seems relevant for understanding the hybridization process and the occurrence of adaptive introgression. Candidate marker databases developed in this study constitute a valuable resource to design large scale re-sequencing experiments in Mediterranean sclerophyllous oak species and could provide insight in species boundaries and on adaptive introgression between Q. suber and Q. ilex.

Palabras clave

Chloroplast dnaDdradseqEvolutionGenomic boundariesHybridizationHybridsIlexIntrogressionOaksQ. suberQuercusQuercus-suberSnpsSoftware

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Frontiers In Plant Science debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2020, se encontraba en la posición 17/235, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Plant Sciences. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 1.02. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 1.24 (fuente consultada: FECYT Feb 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 5.29 (fuente consultada: Dimensions Jun 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-06-12, el siguiente número de citas:

  • WoS: 19
  • Scopus: 21
  • Europe PMC: 8
  • Google Scholar: 31
  • OpenCitations: 22

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-06-12:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 42.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 42 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 5.7.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 7 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Italy; United Kingdom.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (LOPEZ DE HEREDIA LARREA, UNAI) y Último Autor (SOTO DE VIANA, ALVARO).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido SOTO DE VIANA, ALVARO.