{rfName}
Ne

Licencia y uso

Icono OpenAccess

Altmetrics

Impacto en los Objetivos de Desarrollo Sostenible (ODS)

Investigadores/as Institucionales

Toharia P.Autor o CoautorFernaud-Espinosa, IsabelAutor o CoautorBrito, Juan PAutor o CoautorMata, SusanaAutor o CoautorPastor, LuisAutor o CoautorBayona, SofiaAutor o Coautor

Compartir

23 de noviembre de 2020
Publicaciones
>
Artículo

Neuronize v2: Bridging the Gap Between Existing Proprietary Tools to Optimize Neuroscientific Workflows

Publicado en: Frontiers in Neuroanatomy. 14 (585793): 585793- - 2020-10-06 14(585793), DOI: 10.3389/fnana.2020.585793

Autores:

Velasco, I; Toharia, P; Benavides-Piccione, R; Fernaud-Espinosa, I; Brito, JP; Mata, S; DeFelipe, J; Pastor, L; Bayona, S
[+]

Afiliaciones

CSIC, Inst Cajal - Autor o Coautor
Ctr Invest Biomed Red Enfermedades Neurodegenerat - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, Ctr Computat Simulat - Autor o Coautor
Univ Rey Juan Carlos, Dept Comp Sci - Autor o Coautor
Ver más

Resumen

Knowledge about neuron morphology is key to understanding brain structure and function. There are a variety of software tools that are used to segment and trace the neuron morphology. However, these tools usually utilize proprietary formats. This causes interoperability problems since the information extracted with one tool cannot be used in other tools. This article aims to improve neuronal reconstruction workflows by facilitating the interoperability between two of the most commonly used software tools-Neurolucida (NL) and Imaris (Filament Tracer). The new functionality has been included in an existing tool-Neuronize-giving rise to its second version. Neuronize v2 makes it possible to automatically use the data extracted with Imaris Filament Tracer to generate a tracing with dendritic spine information that can be read directly by NL. It also includes some other new features, such as the ability to unify and/or correct inaccurately-formed meshes (i.e., dendritic spines) and to calculate new metrics. This tool greatly facilitates the process of neuronal reconstruction, bridging the gap between existing proprietary tools to optimize neuroscientific workflows.
[+]

Palabras clave

3d morphological reconstructionAlgorithmArticleBrainCellsCerebrospinal fluidCorpus callosumData sharingDendriteDendritic spineGenetic recombinationGray matterHumanHuman prefrontal cortexImage processingImage reconstructionInsightsInteroperabilityMorphologyNeurologyNeuron morphologyNeuronal tracingPyramidal neuronsPyramidal structureQuality educationSignal noise ratioSkeletonSpine meshesSpinesStructure activity relationWorkflow

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Frontiers in Neuroanatomy debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2020, se encontraba en la posición 1/21, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Anatomy & Morphology. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-24:

  • Google Scholar: 5
  • WoS: 4
  • Scopus: 4
[+]

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-24:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 19.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 19 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 10.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 2 (Altmetric).
  • El número de menciones en medios de comunicación: 1 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://oa.upm.es/86627/

Como resultado de la publicación del trabajo en el repositorio institucional, se han obtenido datos estadísticos de uso que reflejan su impacto. En términos de difusión, podemos afirmar que, hasta la fecha

  • Visualizaciones: 177
  • Descargas: 34
Siguiendo con el impacto social del trabajo, es importante enfatizar el hecho de que, por su contenido, puede ser asignado a la línea de interés del ODS 4 - Quality Education, con una probabilidad del 64% según el algoritmo mBERT desarrollado por Aurora University.
[+]

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Último Autor (BAYONA BERISO, SOFIA).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido Benavides-Piccione, Ruth.

[+]

Objetivos del proyecto

El presente trabajo persigue los siguientes objetivos: mejorar los flujos de trabajo de reconstrucción neuronal facilitando la interoperabilidad entre los softwares Neurolucida e Imaris Filament Tracer; incorporar nuevas funcionalidades en la herramienta Neuronize para permitir el uso automático de datos extraídos con Imaris y generar trazados compatibles con Neurolucida; unificar y corregir mallas formadas incorrectamente, especialmente en espinas dendríticas; calcular nuevas métricas relacionadas con la morfología neuronal; y optimizar los procesos de reconstrucción neuronal mediante la integración de herramientas propietarias, contribuyendo así a superar las limitaciones de formatos propietarios y mejorar la eficiencia en estudios neurocientíficos.
[+]

Resultados más relevantes

Los resultados más relevantes de esta aportación se centran en la mejora de los flujos de trabajo en la reconstrucción neuronal mediante la interoperabilidad entre herramientas propietarias. En primer lugar, Neuronize v2 permite utilizar automáticamente los datos extraídos con Imaris Filament Tracer para generar un trazado que incluye información de espinas dendríticas y que es compatible con Neurolucida. En segundo lugar, incorpora funcionalidades para unificar y corregir mallas formadas incorrectamente, mejorando la precisión de las reconstrucciones. Finalmente, la herramienta añade la capacidad de calcular nuevas métricas relevantes para el análisis morfológico neuronal, optimizando así los procesos de segmentación y trazado en neurociencia.
[+]

Reconocimientos ligados al ítem

This work was supported by grants from the following entities: the Spanish ``Ministerio de Ciencia, Innovacion y Universidades'' regarding grant TIN2017-83132-C2 (corresponding to the project Analytical Applied Visualization,'' VIANA), grant PGC2018-094307-B-I00, the Cajal Blue Brain Project [the Spanish partner of the Blue Brain Project initiative from L'Ecole Polytechnique Federale de Lausanne (EPFL), Switzerland]; and the European Union's Horizon 2020 Framework Programme for Research and Innovation under the specific grant agreement No. 785907 (Human Brain Project SGA2) and the specific grant agreement No. 945539 (Human Brain Project SGA3).
[+]