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Investigadores/as Institucionales

Mora-Marquez, FAutor o CoautorDe Heredia, UlAutor (correspondencia)

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24 de mayo de 2021
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Artículo
Sí

NGScloud2: optimized bioinformatic analysis using Amazon Web Services

Publicado en: Peerj. 9 e11237- - 2021-04-16 9(), DOI: 10.7717/peerj.11237

Autores:

Mora-Marquez, Fernando; Luis Vazquez-Poletti, Jose; Lopez de Heredia, Unai
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Afiliaciones

Univ Complutense Madrid, Fac Informat, Dept Arquitectura Ordenadores & Automat, GI Arquitectura Sistemas Distribuidos, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, Dept Sistemas & Recursos Nat, GI Sistemas Nat & Hist Forestal, ETSI Montes Forestal & Medio Nat, Madrid, Spain - Autor o Coautor

Resumen

Background. NGScloud was a bioinformatic system developed to perform de novo RNAseq analysis of non-model species by exploiting the cloud computing capabilities of Amazon Web Services. The rapid changes undergone in the way this cloud computing service operates, along with the continuous release of novel bioinformatic applications to analyze next generation sequencing data, have made the software obsolete. NGScloud2 is an enhanced and expanded version of NGScloud that permits the access to ad hoc cloud computing infrastructure, scaled according to the complexity of each experiment. Methods. NGScloud2 presents major technical improvements, such as the possibility of running spot instances and the most updated AWS instances types, that can lead to significant cost savings. As compared to its initial implementation, this improved version updates and includes common applications for de novo RNAseq analysis, and incorporates tools to operate workflows of bioinformatic analysis of referencebased RNAseq, RADseq and functional annotation. NGScloud2 optimizes the access to Amazon's large computing infrastructures to easily run popular bioinformatic software applications, otherwise inaccessible to non-specialized users lacking suitable hardware infrastructures. Results. The correct performance of the pipelines for de novo RNAseq, referencebased RNAseq, RADseq and functional annotation was tested with real experimental data, providing workflow performance estimates and tips to make optimal use of NGScloud2. Further, we provide a qualitative comparison of NGScloud2 vs. the Galaxy framework. NGScloud2 code, instructions for software installation and use are available at https://github.com/GGFHF/NGScloud2. NGScloud2 includes a companion package, NGShelper that contains Python utilities to post-process the output of the pipelines for downstream analysis at https://github.com/GGFHF/NGShelper.
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Palabras clave

AlignmentArticleAwsBig dataBioinformaticsCloud computingCost controlExpression analysisFunctional annotationGeneHigh throughput sequencingNext generation sequencingPackagePipelineProteinQuality assessment-toolRna sequencingRna-seq dataRunningSequenceSoftwareTranscriptomicsWorkflow

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Peerj debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2021, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Agricultural and Biological Sciences (Miscellaneous).

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2025-12-21:

  • Google Scholar: 5
  • WoS: 6
  • Scopus: 5
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-12-21:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 19.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 19 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 5.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 7 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (MORA MARQUEZ, FERNANDO) y Último Autor (LOPEZ DE HEREDIA LARREA, UNAI).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido LOPEZ DE HEREDIA LARREA, UNAI.

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Reconocimientos ligados al ítem

This work was supported by the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness-MINECO [grant number AGL2015-67495-C2-2-R]; the Spanish Ministry of Science and Innovation [grant numbers PID2019-110330GB-C22 and RTI2018-096465-B-I00]; the Regional Government of Madrid [grant numbers P2018/TCS4499 and S2018/TCS-4499]; and by an Amazon Research Grant. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.
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