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Toharia, PAutor o CoautorRobles, OdAutor (correspondencia)Pastor, LAutor o Coautor

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7 de febrero de 2022
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SynCoPa: Visualizing Connectivity Paths and Synapses Over Detailed Morphologies

Publicado en: Frontiers in Neuroinformatics. 15 753997- - 2021-12-27 15(), DOI: 10.3389/fninf.2021.753997

Autores:

Galindo, SE; Toharia, P; Robles, OD; Pastor, L
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Afiliaciones

Rey Juan Carlos Univ, Arquitectura Comp Lenguajes & Sistemas & Informat, Ciencias Comp, Esc Tec Sup Ingn Informat, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, Ctr Computat Simulat, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, ETSIINF, DATSI, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Ver más

Resumen

Brain complexity has traditionally fomented the division of neuroscience into somehow separated compartments; the coexistence of the anatomical, physiological, and connectomics points of view is just a paradigmatic example of this situation. However, there are times when it is important to combine some of these standpoints for getting a global picture, like for fully analyzing the morphological and topological features of a specific neuronal circuit. Within this framework, this article presents SynCoPa, a tool designed for bridging gaps among representations by providing techniques that allow combining detailed morphological neuron representations with the visualization of neuron interconnections at the synapse level. SynCoPa has been conceived for the interactive exploration and analysis of the connectivity elements and paths of simple to medium complexity neuronal circuits at the connectome level. This has been done by providing visual metaphors for synapses and interconnection paths, in combination with the representation of detailed neuron morphologies. SynCoPa could be helpful, for example, for establishing or confirming a hypothesis about the spatial distributions of synapses, or for answering questions about the way neurons establish connections or the relationships between connectivity and morphological features. Last, SynCoPa is easily extendable to include functional data provided, for example, by any of the morphologically-detailed simulators available nowadays, such as Neuron and Arbor, for providing a deep insight into the circuits features prior to simulating it, in particular any analysis where it is important to combine morphology, network topology, and physiology.
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Palabras clave

ArticleArtificial neural networkBioinformaticsBioinformatics visualizationBrain perfusionConductanceCostData visualizationDendritic cellDynamicsElectroencephalographyFunctional magnetic resonance imagingGeometryJoint neuron morphology and connectivity visualizationLearning algorithmMathematical analysisMicroscopyMorphologyNerve cellNetwork analysisNeuron network connectivity visual analyticsNeurosciencePublicationScientific and data visualization in neuroscienceSimulationSoftwareSpatial analysisSynapseSyncopaVisual analytics in neuroscienceVisual attention

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Frontiers in Neuroinformatics debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2021, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Biomedical Engineering.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-25:

  • WoS: 1
  • Scopus: 2
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-25:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 10.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 10 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 3.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 5 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://oa.upm.es/86727/

Como resultado de la publicación del trabajo en el repositorio institucional, se han obtenido datos estadísticos de uso que reflejan su impacto. En términos de difusión, podemos afirmar que, hasta la fecha

  • Visualizaciones: 130
  • Descargas: 38
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Último Autor (PASTOR PÉREZ, LUIS).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido ROBLES SANCHEZ, OSCAR DAVID.

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