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Babalola, BmAutor o Coautor

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22 de agosto de 2022
Publicaciones
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Artículo

Diversity of polerovirus-associated RNAs in the virome of wild and cultivated carrots

Publicado en:Plant Pathology. 71 (9): 1892-1900 - 2022-01-01 71(9), DOI: 10.1111/ppa.13623

Autores: Schonegger, Deborah; Babalola, Bisola Mercy; Marais, Armelle; Faure, Chantal; Candresse, Thierry;

Afiliaciones

Univ Bordeaux, INRAE, UMR BFP, CS 20032, F-33882 Villenave Dornon, France - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, Ctr Biotecnol & Genom Plantas, UPM INIA, Campus Montegancedo, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, ETSIAAB, Campus Montegancedo, Madrid, Spain - Autor o Coautor

Resumen

The self-replicating polerovirus-associated RNAs have recently been classified as tombusvirus-like associated RNAs (tlaRNAs). In a metagenomic comparison of the virome of wild (Daucus carota subsp. carota) and cultivated (D. carota subsp. sativus) carrots, four tlaRNAs were identified: carrot red leaf virus-associated RNA (CtRLVaRNA), beet western yellows virus-associated RNA (BWYVaRNA), and two other tlaRNAs detected for the first time in carrots, arracacha latent virus E-associated RNA (ALVEaRNA) and a new tlaRNA tentatively named carrot red leaf virus-associated RNA 2 (CtRLVaRNA-2). Their genomic sequences show a typical tlaRNA genome organization with a very short 5 ' untranslated region (UTR), a long 3 ' UTR and consecutive open reading frames (ORFs), ORF1a and ORF1b, separated by an amber stop codon, leading to the production of an ORF1a/ORF1b RdRp fusion protein. The genetic diversity and prevalence of these various agents were analysed in carrot populations in France and Spain. CtRLVaRNA was the most frequently detected in both wild and cultivated carrot populations and was genetically more heterogeneous than ALVEaRNA and CtRLVaRNA-2. ALVEaRNA was detected both in France and Spain and showed preferential association with cultivated carrots. In contrast, CtRLVaRNA-2 was only detected from one region of France and was preferentially associated with wild carrot populations. Analysis of the virome of individual plants showed the presence of CtRLV but not that of the expected helper virus for ALVEaRNA and BWYVaRNA, suggesting a degree of flexibility in their associations with helper viruses, which in turn may have biological and epidemiological consequences.

Palabras clave

Associated rnaBiologyDaucus carotaDiseaseHigh-throughput sequencingMottlePolerovirusSatelliteSpecificitySt9-associated rnaVirus

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Plant Pathology debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2022, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Horticulture. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions, arroja un valor de: 1.2, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: Dimensions Jul 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-07-15, el siguiente número de citas:

  • WoS: 1
  • Scopus: 4

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-15:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 5.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 5 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 7.65.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 10 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: France.