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Investigadores/as Institucionales

Rio SAutor (correspondencia)Isidro Y Sánchez JAutor o Coautor

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20 de septiembre de 2022
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Genomic prediction and training set optimization in a structured Mediterranean oat population

Publicado en: THEORETICAL AND APPLIED GENETICS. 134 (11): 3595-3609 - 2021-11-01 134(11), DOI: 10.1007/s00122-021-03916-w

Autores:

Rio, S; Gallego-Sánchez, L; Montilla-Bascón, G; Canales, FJ; Sánchez, JIY; Prats, E
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Afiliaciones

Spanish Res Council CSIC, Inst Sustainable Agr, Cordoba, Spain - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid UPM, Inst Nacl Invest & Tecnol Agr & Alimentaria INIA, Ctr Biotecnol & Genom Plantas CBGP UPM INIA, Campus Montegancedo UPM, Madrid 28223, Spain - Autor o Coautor

Resumen

Key message: The strong genetic structure observed in Mediterranean oats affects the predictive ability of genomic prediction as well as the performance of training set optimization methods. Abstract: In this study, we investigated the efficiency of genomic prediction and training set optimization in a highly structured population of cultivars and landraces of cultivated oat (Avena sativa) from the Mediterranean basin, including white (subsp. sativa) and red (subsp. byzantina) oats, genotyped using genotype-by-sequencing markers and evaluated for agronomic traits in Southern Spain. For most traits, the predictive abilities were moderate to high with little differences between models, except for biomass for which Bayes-B showed a substantial gain compared to other models. The consistency between the structure of the training population and the population to be predicted was key to the predictive ability of genomic predictions. The predictive ability of inter-subspecies predictions was indeed much lower than that of intra-subspecies predictions for all traits. Regarding training set optimization, the linear mixed model optimization criteria (prediction error variance (PEVmean) and coefficient of determination (CDmean)) performed better than the heuristic approach “partitioning around medoids,” even under high population structure. The superiority of CDmean and PEVmean could be explained by their ability to adapt the representation of each genetic group according to those represented in the population to be predicted. These results represent an important step towards the implementation of genomic prediction in oat breeding programs and address important issues faced by the genomic prediction community regarding population structure and training set optimization.
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Palabras clave

accuracyassisted predictionavena sativacalibration setenvironmental adaptationgenetic structuregenetic valuegenomic predictionlinkage disequilibriumplantregressionselectiontraining set optimizationwide associationAvenaAvena sativaBayes theoremBeta-glucan concentrationEdible grainEnvironmental adaptationGenetic structureGenetics, populationGenome, plantGenomic predictionGenomicsGenotypeMediterranean regionModels, geneticOatPhenotypePlant breedingSpainTraining set optimization

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista THEORETICAL AND APPLIED GENETICS debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2021, se encontraba en la posición 3/36, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Horticulture. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 1.44. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 13 Nov 2025)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 1.36 (fuente consultada: FECYT Mar 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2026-04-24, el siguiente número de citas:

  • WoS: 16
  • Scopus: 17
  • Europe PMC: 10
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-24:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 25.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 23 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 5.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 8 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: https://oa.upm.es/86531/

Como resultado de la publicación del trabajo en el repositorio institucional, se han obtenido datos estadísticos de uso que reflejan su impacto. En términos de difusión, podemos afirmar que, hasta la fecha

  • Visualizaciones: 108
  • Descargas: 37
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (RIO, SIMON) .

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido RIO, SIMON.

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