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Grant support

This work is supported by the DRUGS4COVID++ project, funded by Ayudas Fundacion BBVA a equipos de investigacion cientifica SARS-CoV-2 y COVID-19. The work is also supported by "Data-driven drug repositioning applying graph neural networks (3DR-GNN)" under grant "PID2021-122659OB-I00" from the Spanish Ministerio de Ciencia, Innovacion y Universidades. LPS's work is supported by "Programa de fomento de la investigacion y la innovacion (Doctorados Industriales)" from Comunidad de Madrid (grant "IND2019/TIC-17159").

Análisis de autorías institucional

Alvarez Perez, AndreaAutor o CoautorIglesias-Molina, AnaAutor o CoautorPrieto Santamaria, LuciaAutor o CoautorPoveda-Villalon, MariaAutor o CoautorBadenes-Olmedo, CarlosAutor o CoautorRodriguez-Gonzalez, AlejandroAutor (correspondencia)

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Conferencia Publicada

EBOCA: Evidences for BiOmedical Concepts Association Ontology

Publicado en:Lecture Notes In Computer Science. 13514 152-166 - 2022-01-01 13514(), DOI: 10.1007/978-3-031-17105-5_11

Autores: Alvarez Perez, Andrea; Iglesias-Molina, Ana; Prieto Santamaria, Lucia; Poveda-Villalon, Maria; Badenes-Olmedo, Carlos; Rodriguez-Gonzalez, Alejandro

Afiliaciones

Resumen

There is a large number of online documents data sources available nowadays. The lack of structure and the differences between formats are the main difficulties to automatically extract information from them, which also has a negative impact on its use and reuse. In the biomedical domain, the DISNET platform emerged to provide researchers with a resource to obtain information in the scope of human disease networks by means of large-scale heterogeneous sources. Specifically in this domain, it is critical to offer not only the information extracted from different sources, but also the evidence that supports it. This paper proposes EBOCA, an ontology that describes (i) biomedical domain concepts and associations between them, and (ii) evidences supporting these associations; with the objective of providing an schema to improve the publication and description of evidences and biomedical associations in this domain. The ontology has been successfully evaluated to ensure there are no errors, modelling pitfalls and that it meets the previously defined functional requirements. Test data coming from a subset of DISNET and automatic association extractions from texts has been transformed according to the proposed ontology to create a Knowledge Graph that can be used in real scenarios, and which has also been used for the evaluation of the presented ontology.

Palabras clave

Biomedical domainBiomedicineData-sourceEvidenceEvidencesExtract informationsHuman diseaseKnowledge graphOn-line documentsOntologyOntology'sProvenanceReuseSemanticSemantics

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions, arroja un valor de: 1.57, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: Dimensions Jun 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-06-08, el siguiente número de citas:

  • WoS: 2
  • Scopus: 3
  • OpenCitations: 1

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-06-08:

  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 2 (PlumX).

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (ALVAREZ PEREZ, ANDREA) y Último Autor (RODRIGUEZ GONZALEZ, ALEJANDRO).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido RODRIGUEZ GONZALEZ, ALEJANDRO.