{rfName}
Re

Indexat a

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Citacions

Altmetrics

Article has an altmetric score of 1

Grant support

No Statement Available

Anàlisi d'autories institucional

Carvalho, Humberto FanelliAutor o coautorGarcia-Abadillo, JulianAutor o coautorIsidro Y Sanchez, JulioAutor (correspondència)

Compartir

24 dejuny de 2024
Publicacions
>
Article
Sí

Revisiting superiority and stability metrics of cultivar performances using genomic data: derivations of new estimators

Publicat a:Plant Methods. 20 (1): 85- - 2024-06-06 20(1), DOI: 10.1186/s13007-024-01207-1

Autors: Carvalho, HF; Rio, S; García-Abadillo, J; Sanchez, JIY

Afiliacions

UMR AGAP Inst, CIRAD, F-34398 Montpellier, France - Autor o coautor
Univ Montpellier, UMR AGAP Inst, Inst Agro, CIRAD,INRAE, Montpellier, France - Autor o coautor
Univ Politecn Madrid UPM, Ctr Biotecnol & Genomica Plantas CBGP UPM INIA, Inst Nacl Invest & Tecnol Agr & Alimentaria INIA, Campus Montegancedo UPM, Pozuelo De Alarcon 28223, Madrid, Spain - Autor o coautor

Resum

The selection of highly productive genotypes with stable performance across environments is a major challenge of plant breeding programs due to genotype-by-environment (GE) interactions. Over the years, different metrics have been proposed that aim at characterizing the superiority and/or stability of genotype performance across environments. However, these metrics are traditionally estimated using phenotypic values only and are not well suited to an unbalanced design in which genotypes are not observed in all environments. The objective of this research was to propose and evaluate new estimators of the following GE metrics: Ecovalence, Environmental Variance, Finlay-Wilkinson regression coefficient, and Lin-Binns superiority measure. Drawing from a multi-environment genomic prediction model, we derived the best linear unbiased prediction for each GE metric. These derivations included both a squared expectation and a variance term. To assess the effectiveness of our new estimators, we conducted simulations that varied in traits and environment parameters. In our results, new estimators consistently outperformed traditional phenotype-based estimators in terms of accuracy. By incorporating a variance term into our new estimators, in addition to the squared expectation term, we were able to improve the precision of our estimates, particularly for Ecovalence in situations where heritability was low and/or sparseness was high. All methods are implemented in a new R-package: GEmetrics. These genomic-based estimators enable estimating GE metrics in unbalanced designs and predicting GE metrics for new genotypes, which should help improve the selection efficiency of high-performance and stable genotypes across environments.

Paraules clau

EcovalenceEfficiencyEnvironmental varianceFinlay-wilkinson regression coefficientFinlay–wilkinson regression coefficientGenomic predictionGenotype-by-environmentLin-binns superiority measurLin–binns superiority measureMixed modelsPedigreePredictionRegressionSelectionTrialsValueVariety

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Plant Methods a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2024 encara no hi ha indicis calculats, però el 2023, es trobava a la posició 13/86, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Biochemical Research Methods.

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-07-26:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 11.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 2 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 0.75.
  • El nombre de mencions a la xarxa social Facebook: 1 (Altmetric).
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 1 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.
  • Assignació d'un Handle/URN com a identificador dins del Dipòsit en el Repositori Institucional: https://oa.upm.es/86481/

Com a resultat de la publicació del treball en el repositori institucional, s'han obtingut dades estadístiques d'ús que reflecteixen el seu impacte. En termes de difusió, podem afirmar que, fins a la data

  • Visualitzacions: 37
  • Descàrregues: 3

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: France.

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (FANELLI CARVALHO, HUMBERTO) i Últim Autor (ISIDRO SANCHEZ, JULIO).

l'autor responsable d'establir les tasques de correspondència ha estat ISIDRO SANCHEZ, JULIO.