{rfName}
dd

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

López De Heredia UAutor o coautorMora-Márquez FAutor o coautorSoto àAutor (correspondència)

Compartir

4 d’octubre de 2020
Publicacions
>
Article

ddRAD Sequencing-Based Identification of Genomic Boundaries and Permeability in Quercus ilex and Q. suber Hybrids

Publicat a:Frontiers In Plant Science. 11 (564414): 564414- - 2020-09-04 11(564414), DOI: 10.3389/fpls.2020.564414

Autors: Lopez de Heredia, Unai; Mora-Marquez, Fernando; Goicoechea, Pablo G; Guillardin-Calvo, Laura; Simeone, Marco C; Soto, Alvaro

Afiliacions

Escuela Tecnica Superior de Ingenieros de Montes, Universidad Politecnica de Madrid - Autor o coautor
Neiker, The Basque Institute for Agricultural Research and Development - Autor o coautor
NEIKERBRA, Dept Forestry, Vitoria, Spain - Autor o coautor
Univ Oxford, Dept Plant Sci, Oxford, England - Autor o coautor
Univ Politecn Madrid, ETSI Montes Forestal & Medio Nat, Dept Sistemas & Recursos Nat, GI Genet Fisiol & Hist Forestal, Madrid, Spain - Autor o coautor
Univ Tuscia, Dipartimento Sci Agr & Forestali DAFNE, Viterbo, Italy - Autor o coautor
Universita degli Studi della Tuscia Viterbo - Autor o coautor
University of Oxford - Autor o coautor
Veure més

Resum

© Copyright © 2020 López de Heredia, Mora-Márquez, Goicoechea, Guillardín-Calvo, Simeone and Soto. Hybridization and its relevance is a hot topic in ecology and evolutionary biology. Interspecific gene flow may play a key role in species adaptation to environmental change, as well as in the survival of endangered populations. Despite the fact that hybridization is quite common in plants, many hybridizing species, such as Quercus spp., maintain their integrity, while precise determination of genomic boundaries between species remains elusive. Novel high throughput sequencing techniques have opened up new perspectives in the comparative analysis of genomes and in the study of historical and current interspecific gene flow. In this work, we applied ddRADseq technique and developed an ad hoc bioinformatics pipeline for the study of ongoing hybridization between two relevant Mediterranean oaks, Q. ilex and Q. suber. We adopted a local scale approach, analyzing adult hybrids (sensu lato) identified in a mixed stand and their open-pollinated progenies. We have identified up to 9,435 markers across the genome and have estimated individual introgression levels in adults and seedlings. Estimated contribution of Q. suber to the genome is higher, on average, in hybrid progenies than in hybrid adults, suggesting preferential backcrossing with this parental species, maybe followed by selection during juvenile stages against individuals with higher Q. suber genomic contribution. Most discriminating markers seem to be scattered throughout the genome, suggesting that a large number of small genomic regions underlie boundaries between these species. A noticeable proportion of the markers (26%) showed allelic frequencies in adult hybrids very similar to one of the parental species, and very different from the other; a finding that seems relevant for understanding the hybridization process and the occurrence of adaptive introgression. Candidate marker databases developed in this study constitute a valuable resource to design large scale re-sequencing experiments in Mediterranean sclerophyllous oak species and could provide insight in species boundaries and on adaptive introgression between Q. suber and Q. ilex.

Paraules clau

Chloroplast dnaDdradseqEvolutionGenomic boundariesHybridizationHybridsIlexIntrogressionOaksQ. suberQuercusQuercus-suberSnpsSoftware

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Frontiers In Plant Science a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2020, es trobava a la posició 17/235, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Plant Sciences. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada per sobre del Percentil 90.

Des d'una perspectiva relativa, i tenint en compte l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir de les Citacions Mundials proporcionades per WoS (ESI, Clarivate), proporciona un valor per a la normalització de citacions relatives a la taxa de citació esperada de: 1.02. Això indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: ESI 14 Nov 2024)

Aquesta informació es reforça amb altres indicadors del mateix tipus, que encara que dinàmics en el temps i dependents del conjunt de citacions mitjanes mundials en el moment del seu càlcul, coincideixen a posicionar en algun moment el treball, entre el 50% més citats dins de la seva temàtica:

  • Mitjana Ponderada de l'Impacte Normalitzat de l'agència Scopus: 1.24 (font consultada: FECYT Febr 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la font Dimensions: 5.39 (font consultada: Dimensions Jul 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2025-07-11, el següent nombre de cites:

  • WoS: 19
  • Scopus: 21
  • Europe PMC: 8
  • Google Scholar: 31

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-07-11:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 43.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 42 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 5.7.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 7 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: Italy; United Kingdom.

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (LOPEZ DE HEREDIA LARREA, UNAI) i Últim Autor (SOTO DE VIANA, ALVARO).

l'autor responsable d'establir les tasques de correspondència ha estat SOTO DE VIANA, ALVARO.