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The research leading to these results has received funding from the Ministerio de Ciencia, Innovacion y Universidades, Spain (grant CGL2016-75904-C2-2-P). R. Pong-Wong is funded by the European Union's Horizon 2020 research and innovation programme under the Grant Agreement nffi 772787 (SMARTER) and the Biotechnology and Biological Sciences Research Council through Institute Strategic Programme Grant funding (BBS/E/D/30002275).

Análisis de autorías institucional

Toro, MaAutor o Coautor
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Artículo

Changes in Allele Frequencies When Different Genomic Coancestry Matrices Are Used for Maintaining Genetic Diversity

Publicado en:Genes. 12 (5): 673- - 2021-05-01 12(5), DOI: 10.3390/genes12050673

Autores: Morales-Gonzalez, Elisabeth; Fernandez, Jesus; Pong-Wong, Ricardo; Toro, Miguel Angel; Villanueva, Beatriz;

Afiliaciones

‎ INIA, Dept Mejora Genet, Km 7-5, Madrid 28040, Spain - Autor o Coautor
‎ Univ Edinburgh, R D SVS, Roslin EH25 9RG, Midlothian, Scotland - Autor o Coautor
‎ Univ Edinburgh, Roslin Inst, Genet & Genom, Roslin EH25 9RG, Midlothian, Scotland - Autor o Coautor
‎ Univ Politecn Madrid, Dept Prod Agr, Madrid 28040, Spain - Autor o Coautor

Resumen

A main objective in conservation programs is to maintain genetic variability. This can be achieved using the Optimal Contributions (OC) method that optimizes the contributions of candidates to the next generation by minimizing the global coancestry. However, it has been argued that maintaining allele frequencies is also important. Different genomic coancestry matrices can be used on OC and the choice of the matrix will have an impact not only on the genetic variability maintained, but also on the change in allele frequencies. The objective of this study was to evaluate, through stochastic simulations, the genetic variability maintained and the trajectory of allele frequencies when using two different genomic coancestry matrices in OC to minimize the loss of diversity: (i) the matrix based on deviations of the observed number of alleles shared between two individuals from the expected numbers under Hardy-Weinberg equilibrium (theta(LH)); and (ii) the matrix based on VanRaden's genomic relationship matrix (theta(VR)). The results indicate that the use of theta(LH) resulted in a higher genetic variability than the use of theta(VR). However, the use of theta(VR) maintained allele frequencies closer to those in the base population than the use of theta(LH).

Palabras clave
AdultAllele frequenciesAnimalAnimalsArticleBiological modelCase reportClinical articleConsanguinityConsequencesConservationDeleterious mutationsEndangered speciesFemaleGene frequencyGene linkage disequilibriumGenetic diversityGenetic fitnessGenetic polymorphismGenetic variabilityGenomic coancestry matrixHumanHuman experimentLinkage disequilibriumMaleManagementModels, geneticOptimal contributionsPedigreePhylogenyPolymorphism, geneticReproductive fitnessSelectionSimulationStochastic modelTools

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Genes debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2021, se encontraba en la posición 72/175, consiguiendo con ello situarse como revista Q2 (Segundo Cuartil), en la categoría Genetics & Heredity. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada en el Cuartil Q2 para la agencia Scopus (SJR) en la categoría Genetics.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions, arroja un valor de: 1.19, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: Dimensions May 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-05-26, el siguiente número de citas:

  • Scopus: 4
  • OpenCitations: 4
Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-05-26:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 8.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 8 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 4.35.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 6 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: United Kingdom.