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Goñi Moreno AAutor o Coautor

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15 de septiembre de 2022
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Artículo

Synthetic biology open language visual (SBOL Visual) version 2.3

Publicado en:Journal Of Integrative Bioinformatics. 18 (3): - 2021-06-08 18(3), DOI: 10.1515/jib-2020-0045

Autores: Baig H; Fontanarossa P; Kulkarni V; McLaughlin J; Vaidyanathan P; Bartley B; Bhakta S; Bhatia S; Bissell M; Clancy K; Cox RS; Goñi Moreno A; Gorochowski T; Grunberg R; Lee J; Luna A; Madsen C; Misirli G; Nguyen T; Le Novere N; Palchick Z; Pocock M; Roehner N; Sauro H; Scott-Brown J; Sexton JT; Stan GB; Tabor JJ; Terry L; Vazquez Vilar M; Voigt CA; Wipat A; Zong D; Zundel Z; Beal J; Myers C

Afiliaciones

BBN Technologies - Autor o Coautor
Boston University - Autor o Coautor
Harvard Medical School - Autor o Coautor
Imperial College London - Autor o Coautor
Keele University - Autor o Coautor
King Abdullah University of Science and Technology - Autor o Coautor
Kobe University - Autor o Coautor
Massachusetts Institute of Technology - Autor o Coautor
Microsoft Research Cambridge - Autor o Coautor
Newcastle University - Autor o Coautor
Rice University - Autor o Coautor
Shipyard Toolchains LLC - Autor o Coautor
Technology Ltd - Autor o Coautor
The Babraham Institute - Autor o Coautor
The University of Utah - Autor o Coautor
Thermo Fisher Scientific Inc. - Autor o Coautor
Universitat Politècnica de València - Autor o Coautor
University of Bristol - Autor o Coautor
University of Colorado Boulder - Autor o Coautor
University of Connecticut - Autor o Coautor
University of Oxford - Autor o Coautor
University of Warwick - Autor o Coautor
University of Washington - Autor o Coautor
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Resumen

People who are engineering biological organisms often find it useful to communicate in diagrams, both about the structure of the nucleic acid sequences that they are engineering and about the functional relationships between sequence features and other molecular species. Some typical practices and conventions have begun to emerge for such diagrams. The Synthetic Biology Open Language Visual (SBOL Visual) has been developed as a standard for organizing and systematizing such conventions in order to produce a coherent language for expressing the structure and function of genetic designs. This document details version 2.3 of SBOL Visual, which builds on the prior SBOL Visual 2.2 in several ways. First, the specification now includes higher-level interactions with interactions, such as an inducer molecule stimulating a repression interaction. Second, binding with a nucleic acid backbone can be shown by overlapping glyphs, as with other molecular complexes. Finally, a new unspecified interaction glyph is added for visualizing interactions whose nature is unknown, the insulator glyph is deprecated in favor of a new inert DNA spacer glyph, and the polypeptide region glyph is recommended for showing 2A sequences.

Palabras clave

DiagramsSbol visualStandards

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Journal Of Integrative Bioinformatics debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2021, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Medicine (Miscellaneous).

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions, arroja un valor de: 1.05, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: Dimensions Jul 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-07-20, el siguiente número de citas:

  • Scopus: 6

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-20:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 13.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 12 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 0.25.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 1 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Gran Bretanya; Japan; Saudi Arabia; United Kingdom; United States of America.