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Enhancing Microbiome Research through Genome-Scale Metabolic Modeling

Publicado en:Msystems. 6 (6): - 2021-01-01 6(6), DOI: 10.1128/mSystems.00599-21

Autores: Ankrah NYD; Bernstein DB; Biggs M; Carey M; Engevik M; García-Jiménez B; Lakshmanan M; Pacheco AR; Sulheim S; Medlock GL

Afiliaciones

Resumen

Construction and analysis of genome-scale metabolic models (GEMs) is a well-established systems biology approach that can be used to predict metabolic and growth phenotypes. The ability of GEMs to produce mechanistic insight into microbial ecological processes makes them appealing tools that can open a range of exciting opportunities in microbiome research. Here, we briefly outline these opportunities, present current rate-limiting challenges for the trustworthy application of GEMs to microbiome research, and suggest approaches for moving the field forward. © 2021 Ankrah et al.

Palabras clave

ArticleMetabolic modelingMetabolismMicrobiomeNonhuman

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Msystems debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2021, se encontraba en la posición 27/137, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Microbiology.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales de Scopus Elsevier, arroja un valor para la media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 2.25, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 4.97 (fuente consultada: Dimensions May 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-05-31, el siguiente número de citas:

  • Scopus: 25
  • OpenCitations: 21

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-05-31:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 91.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 91 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 54.13.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 84 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Norway; Singapore; Switzerland; United States of America.